[发明专利]一种快速获取罕见病致病位点的方法和系统

权利要求书

1.一种快速获取罕见病致病位点的方法，所述方法包括以下步骤

步骤1：提取一代序列并比对到人类参考基因组上，构建比对配对坐标矩阵；其特征在于，从原始测序文件中按照信号阈值提取初级峰序列和次级峰序列两种序列, 提取双序列才能检测杂合变异；将两种序列同时比对到人类参考基因组上，记录连续正整数坐标上一一配对的参考序列和基因组序列，并按照比对的染色体位置将初级峰和次级峰矩阵分成同一组，按照比对得分从高到低对分组结果进行排序，构建比对配对坐标矩阵；

步骤2：遍历每组比对配对坐标矩阵，根据差异比对配对的坐标映射关系检测变异；其特征在于，原始序列坐标出现单核苷酸改变时，其参考基因组坐标与原始序列坐标一对一映射；原始序列坐标出现插入变异时，其一个参考基因组坐标映射多个原始序列坐标；原始序列坐标出现缺失变异时，其多个参考基因组坐标映射一个原始序列坐标；

步骤3：根据变异所在的序列进行基因分型；其特征在于，初级峰序列或者次级峰序列坐标出现单一峰检出变异时，输出为杂合变异；初级峰序列和次级峰序列坐标同时检出同一个变异时，输出为纯合变异；初级峰序列和次级峰序列坐标出现变异位点相同，但是变异碱基不同时，输出为多等位基因变异；对变异进行左端对齐，最后合并变异结果；

步骤4：变异检测结果用人类罕见病相关数据库和文献进行注释，过滤低测序质量区域和非目标基因比对结果后根据注释结果进行打分，从高到低输出大于0的变异结果；人群频率小于0.01或不存在于人群数据库的突变记为1分；编码区或外显子剪接区的非同义突变记为1分；内含子上蛋白质功能预测分数不少于0.6的突变记为1分；被人类疾病位点数据库或评级数据库注释为致病或可能致病的位点记为5分；

步骤5：用样本性别升级X性染色体上的纯合致病变异排名；若样本为男性，则校正X染色体上纯合变异基因型为半合子；优先报告致病/可能致病的半合子和纯合子的结果。