[发明专利]一种水稻耐盐基因SKC1的SNP分子标记及其应用

权利要求书

1.一种水稻耐盐基因SKC1的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记由OS900205_K01、OS900206_K01、OS900207_K01组成，其中，OS900205_K01的多态性为C或G；OS900206_K01的多态性为T或C；OS900207_K01的多态性为A或G；

所述SNP分子标记OS900205_K01的多态性位点位于Chr1.11462859；OS900206_K01的多态性位点位于Chr1.11462726；OS900207_K01的多态性位点位于Chr1.11462124；

用于检测所述的SNP分子标记的引物包括特异性引物，所述特异性引物包括PrimerAllele X和Primer Allele Y，其中，所述SNP分子标记OS900205_K01的特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列；SNP分子标记OS900206_K01的特异性引物包括如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列；SNP分子标记OS900207_K01的特异性引物包括如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于：所述用于检测所述的SNP分子标记的引物还包括通用引物，其中，所述SNP分子标记OS900205_K01的通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；所述SNP分子标记OS900206_K01的通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；所述SNP分子标记OS900207_K01的通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。

3.一种水稻耐盐基因SKC1的基因型的检测方法，其特征在于：所述检测方法包括以下步骤：

S1、从水稻叶片中提取基因组DNA；

S2、以步骤S1中提取的基因组DNA为模板，利用如权利要求1所述的SNP分子标记的引物，对OS900205_K01、OS900206_K01、OS900207_K01进行检测；

S3、若三组引物均只检测到引物核苷酸序列SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.7所对应的碱基，判定水稻样品为纯合的耐盐SKC1基因型；若只检测到引物核苷酸序列SEQID NO.2、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.8所对应的碱基，判定测试的水稻样品为纯合的不耐盐skc1基因型；若三组引物同时检测到引物核苷酸序列SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、核苷酸序列SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所对应的碱基，则判断待测水稻样品为杂合的耐盐SKC1基因型。

4.如权利要求1或2所述SNP分子标记在水稻育种中的应用。

5.一种水稻育种方法，其特征在于：包括如下步骤：如权利要求3所述检测方法对水稻耐盐基因SKC1的基因型进行检测，选择携带有耐盐SKC1基因型的水稻样品进行后续育种。

6.一种试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括OS900205_K01、OS900206_K01和OS900207_K01引物，其中，所述引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1～9所示。

7.一种基因芯片，其特征在于：所述基因芯片包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1～9所示的引物。