[发明专利]Kraken2软件输出结果的优化方法及鉴定样本中物种类型的方法

权利要求书

1.一种Kraken2软件输出结果的优化方法，其特征在于，包括：

将测序结果中每个读段的子读段与已知数据库中的物种序列进行匹配，获取每个读段中匹配上每个物种的子读段的kmer数，选择每个读段中各kmer数中的最大值，记作kmermax数；

将所述kmermax数与第一阈值进行比较，当所述kmermax数小于等于第一阈值时，去除所述kmermax数对应的读段，以便对所有读段进行过滤。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一阈值为15～30。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，进一步包括：

将所述过滤后剩余的读段作为候选读段，每个所述候选读段中kmermax数对应的物种作为候选物种；

针对每个所述候选物种，选择所述候选物种匹配上的所有读段的kmer数之和，记作kmersum数；

将所述kmersum数与第二阈值进行比较，当所述kmersum数小于第二阈值时，去除所述kmersum数对应的候选物种，以便对所述候选物种进行过滤，去除不符合要求的物种，剩余物种为目标物种。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述第二阈值为900～1100。

5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，进一步包括：

将不同所述候选物种对应的kmersum数进行降序排列，当出现前一个kmersum数除以后一个kmersum数大于等于第三阈值且所述后一个kmersum数小于第二阈值时，所述前一个kmersum数及其之前的kmersum数所对应的候选物种为目标物种。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述第三阈值为3～5。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序结果的数量为10K-30M。

8.一种鉴定样本中物种类型的方法，其特征在于，包括：

(1)将样本进行宏基因组测序，得到测序结果；

(2)利用Kraken2软件对所述测序结果进行分析，并采用权利要求1～7任一项所述Kraken2软件输出结果的优化方法进行优化，以便确定所述样本中物种类型。