[发明专利]一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法

权利要求书

1.一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法：其特征在于，其包括：

(1)选取源自不同牧草制备模拟日粮，以此作为校正样品，提取混合样本DNA、ITS2条形码PCR扩增、扩增子Illumina MiSeq双末端测序，获得校正样品的原始测序数据；

(2)对原始测序数据进行过滤和质控处理，将有效序列进行操作分类单元OTU聚类；

(3)将OTU代表序列与NCBI数据库Blastn比对，在属或种水平上完成物种注释；

(4)使用宏条形码技术对每个混合样本的牧草基因序列进行测定，得到牧草DNA序列的相对比例测定值，分析获得模拟日粮的组分；

(5)利用线性回归方法对模拟日粮各组分的测定值、各组分的干物质比例真实值进行关联，建立日粮组成的校正模型。

2.根据权利要求1所述的构建方法，其中提取混合样本DNA包括液氮研磨步骤。

3.根据权利要求1所述的构建方法，其中步骤(1)中ITS2条形码PCR扩增时所用引物为rD5-ITS2：TCCTCCGCTTATTGATATGC以及rb1-ITS2f：CGATACTTGGTGTGAATTGCAG。

4.根据权利要求1所述的构建方法，其中步骤(2)中的质控处理包括(i)过滤read尾部质量值20以下的碱基，以50bp为一个滑动窗口，若窗口内序列的平均质量值低于20，从窗口开始截去后端碱基；过滤质控后读长小于50bp的reads；(ii)根据PEreads之间的重叠关系，将成对reads拼接成一条序列，相互拼接上的序列之间，重叠区最小重叠长度为10bp，拼接序列的重叠区允许的最大错配比率为0.2，筛选不符合序列；(iii)根据序列首尾两端的barcode和引物区分样品，并调整序列方向，barcode允许的错配数为0，最大引物错配数为2，去掉无法拼接的序列，最后去除barcode标签及引物序列。

5.根据权利要求1所述的构建方法，其中步骤(2)中的OTU聚类使用Usearch version7.1软件，按照97％相似性进行，在聚类过程中使用UCHIME软件识别并去除嵌合体序列。

6.根据权利要求1所述的构建方法，其中还包括回归校正步骤。

7.根据权利要求6所述的构建方法，其中回归校正中使用Kulczyński相似系数(KSI，％)来评价准确性，其计算公式如下：

其中，ci是模拟日粮中第i个牧草的真实值与估测值之间的较小值；(ai+bi)是每一种牧草组分的真实值与估测值的比例之和。

8.根据权利要求1-7任一项所述的方法在家畜采食组成测定中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用，其中所述家畜为绵羊。