[发明专利]一种无参考基因组的群体变异检测分析方法

权利要求书

1.一种无参考基因组的群体变异检测分析方法，其特征在于，包括下列步骤：

1)通过dd-RAD的方法进行样本测序，测序后得到每个样本的数据使用flash软件包将有overlap的read1与read2连接起来，通过聚类软件对每个样本的序列聚类，提取每个样本序列中的consensus序列；

2)将步骤1)得到的每个样本序列的consensus序列合并，然后进行聚类，过滤，得到群体的consensus序列；

3)使用若干的N连接consensus序列，得到一套伪参考基因组；

4)然后将步骤3)中伪参考基因组按照有参的变异检测流程进行变异的检测与过滤，获得检测信息。

2.如权利要求1所述的一种无参考基因组的群体变异检测分析方法，其特征在于：

所述步骤1)中的dd-RAD的方法进行样本测序的建库双端读长150bp，插入片段200-500bp。

3.如权利要求1所述的一种无参考基因组的群体变异检测分析方法，其特征在于：

所述步骤步骤1)中的聚类软件为Stacks软件包中的ustacks。

4.如权利要求1所述的一种无参考基因组的群体变异检测分析方法，其特征在于：

所述步骤2)中过滤的条件为聚类时核酸序列相似大于98％；聚类时reference与query双方的覆盖均大于95％。

5.如权利要求1所述的一种无参考基因组的群体变异检测分析方法，其特征在于：所述N的默认数量为1000。

6.如权利要求1所述的一种无参考基因组的群体变异检测分析方法，其特征在于：所述步骤4)中有参的变异检测流程采用bwa软件包与gatk软件包。