[发明专利]与小麦赤霉病抗性相关的SNP分子标记533及应用

说明书

本发明提了与小麦赤霉病抗性相关的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记D_contig74317_533位于小麦的5D染色体上，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示，且第125位碱基为T或C，所述SNP分子标记，第125位碱基为T的小麦具有赤霉病抗性；本发明涉及的SNP位点对于检测小麦抗赤霉病品种、品系、育种材料的抗性具有重要意义，可根据其开发分子标记，加快小麦育种效率。

技术领域

本发明属于小麦育种技术领域，具体涉及与小麦赤霉病抗性相关的SPN分子标记533及应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L.)作为三大粮食作物之一，是重要的食用和饲用来源。然而，小麦生育期较长，容易受到生物(病害、虫害等)和非生物(干旱、冻害等)胁迫。小麦赤霉病(Fusarium headblight，FHB)由真菌镰刀菌引起的一种小麦穗部病害，不仅造成小麦严重减产，而且镰刀菌侵染产生的脱氧腐镰刀菌烯醇(DON)等毒素，污染小麦籽粒。由于至今未发现完全免疫的品种，它已成为世界最具毁灭性的小麦病害，严重威胁粮食生产与食品安全。培育抗病品种，发掘抗病基因，是解决赤霉病问题的最有效途径。

现有技术中，利用遗传连锁分析和全基因组关联分析对小麦赤霉病抗性进行了广泛的研究，发现与赤霉病抗性相关的QTL有200多个，分布在21条染色体上。目前，小麦赤霉病抗性分为5种类型，即抗侵染(TypeⅠ)、抗扩展(TypeⅡ)、抗毒素积累(TypeⅢ)、籽粒抗性(TypeⅣ)和耐病性或耐产量损失(TypeⅤ)。其中，以抗侵染的TypeI型和抗扩展的TypeII型被广泛研究。目前已发现7个抗性基因(Fhb1到Fhb7)，其中Fhb1、Fhb2、Fhb4和Fhb5分别位于普通小麦的3BS、6BS、4BL和5AS染色体上，其余基因来源于小麦近缘种。除了这7个FHB基因外，还发现了一些重要的抗性位点。例如，QFhb.mgb-2A被鉴定为WAK2基因，其功能已得到证实。在5B染色体上，有明显的抗性QFhb.mbr-5B被发现可以解释高达36％的表型变异。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明提了一种与小麦赤霉病抗性相关的SNP分子标记533及应用。

本发明以205份小麦材料构成的自然群体为实验材料，在三个不同环境下对小麦赤霉病抗性进行表型鉴定，结合90K小麦基因芯片进行全基因组关联分析，并通过优异等位基因鉴定和关联位点表型分析，发掘出抗性优异等位基因，为小麦赤霉病抗性基因发掘和分子标记辅助选择抗性育种提供了理论指导和基础。

本发明的技术方案如下：

一种与小麦赤霉病抗性相关的SNP分子标记D_contig74317_533，其位于小麦的5D染色体上，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示。

所述SNP分子标记D_contig74317_533的核苷酸序列第125位碱基为T或C。

根据本发明优选的，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，即该序列第125位碱基为T的小麦具有赤霉病抗性。

根据本发明优选的，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，即该序列第125位碱基为T时，SNP分子标记的基因型为TT型；所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQID NO.2所示，即该序列第125位碱基为C时，SNP分子标记的基因型为CC，所述SNP分子标记的CC基因型个体的小麦赤霉病发病率显著高于TT基因型个体。

一种利用SNP分子标记在选育具有赤霉病抗性的小麦品种或品系中的用途，所述SNP分子标记至少包括上述的SNP分子标记D_contig74317_533。

根据本发明优选的，上述用途中，所述SNP分子标记还包括SNP分子标记Kukri_c4143_1055和RAC875_c5646_774；