[发明专利]SNRPN基因甲基化检测试剂盒

说明书

本发明提供一种SNRPN基因甲基化检测试剂盒，该试剂盒包括两对SNRPN基因甲基化检测引物，序列分别如SEQ ID NO:1‑4所示。本发明还提供基于MS‑PCR技术的SNRPN基因甲基化检测方法，该方法包括：提取血样DNA，进行DNA甲基化修饰，甲基化修饰的DNA经纯化、质控后作为模板，利用两对引物进行PCR反应，PCR产物经琼脂糖凝胶电泳，根据电泳检测结果判断是否为PWS、AS或正常。MS‑PCR法可以检出除染色体平衡易位外几乎所有的PWS患者，诊断PWS覆盖率高达99％。本方法只需少量DNA即可完成检测，检测过程耗时短，成本低，准确度高，可实现对PWS患者的早期快速筛查。

技术领域

本发明涉及表观遗传学和核酸检测领域，具体地说，涉及一种SNRPN基因甲基化检测试剂盒。

背景技术

Prader-Willi综合征(PWS)又称张力减退-智力减退-性腺功能减退与肥胖综合征，多数为散发，少数为家族性。PWS的主要遗传类型有15q11-q13区域约6Mb的父源染色体缺失(70％)、母源同源二倍体(UPD)(20％-25％)、印记中心(IC)微缺失及突变(1％-5％)，以及少量的染色体平衡易位(1％)。天使综合征(Angelman Syndrome，AS)又称愉快木偶综合征，是由母系单基因遗传缺陷所致，具体为母源15号染色体q11-q13缺失所致。

SNRPN(Small Nuclear Ribonucleoprotein Polypeptide N)基因与Prader-Willi综合征有着重要联系。SNRPN位于15q11.2，分析SNRPN等位基因的甲基化差异可以判断15号染色体的遗传方式是母系遗传还是父系遗传，或者染色体缺失。

目前常见的甲基化检测方法包括：高分辨染色体分析、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，FISH)、甲基化特异性多重连接探针扩增(methylation methylation-specific multiplex ligation-dependent probeamplification，MS-MLPA)等。其中，染色体核型分析仅适用于染色体大片段的缺失检测，不能检出基因缺失改变，检出率约为60％，FISH操作复杂、费用昂贵，可将检出率提高到70％-75％，但无法检出母源同源二倍体(UPD)和印迹突变，MS-MLPA能够区分PWS两种主要发病机制，能检出约95％的病例但不能鉴别印迹中心突变或缺失以及染色体平衡易位。

甲基化特异性PCR(Methylation-Specific PCR，MS-PCR)是一种特异位点甲基化检测技术。其基本原理是用亚硫酸氢钠处理基因组DNA，未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。设计不同的引物进行PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。

发明内容

本发明的目的是提供一种SNRPN基因甲基化检测试剂盒。

本发明的另一目的是提供一种基于MS-PCR技术的SNRPN基因甲基化检测方法。

为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供一种SNRPN基因甲基化检测引物，包括引物对P和引物对M，引物对P的核苷酸序列如SEQ ID NO:1-2所示(扩增产物大小为100bp)，引物对M的核苷酸序列如SEQ ID NO:3-4所示(扩增产物大小为174bp)。

上述两对引物是采用MethPrimer软件分析SNRPN基因(NCBI中编号为NC_000015.10)的CpG岛之后，分别针对M:hg38:g.24954892-24955065，P:hg38:g.24954921-24955020区段设计得到的。

第二方面，本发明提供含有所述引物的检测试剂或试剂盒。

第三方面，本发明提供一种SNRPN基因甲基化检测试剂盒，包含引物对P和引物对M，所述试剂盒还包括DNA甲基化修饰试剂、阳性标准模板等。