[发明专利]原子序重排方法

说明书

一种原子序重排方法，包括：拓扑重排：将待重排原子序的结构参照参比结构运用二维拓扑重排方法进行重排；等价原子判断：判断拓扑结构中的等价原子；测量标记：标记重排结构和参比结构的原子手性信息；二次重排：将重排结构参照参比结构进行二次重排原子序；上述原子序重排方法将标记重排结构和参比结构的原子手性信息，将重排结构参照参比结构进行二次重排原子序，引入原子序手性，将结构的部分3D信息包含至2D的拓扑原子序重排中，使原子序重排能充分考虑结构的3D信息，避免结构的原子序错乱，解决原子序不一致的问题，从而有利于后续准确计算结构力场能量。

技术领域

本发明涉及分子力场能量计算的前处理，特别涉及一种原子序重排方法。

背景技术

结构的力场能量计算前，需要重排原子序号，目前重排原子序的方法是通过图论工具networkx的拓扑比对进行原子序重排，而拓扑比对仅包含结构的2D信息，而结构的3D特征可能导致重排后的原子序有误，因此经过拓扑比对重排原子序后，仍然需要人工检查，效率低。

如对于含有对称脂肪环的结构进行原子序重排时,如图11仅考虑结构的2D信息两结构的原子序是匹配的，如图12如果考虑3D信息则两个结构的原子序不匹配，因此利用仅包含2D信息的拓扑比对方法进行原子序重排，原子序可能不匹配。

发明内容

基于此，有必要提供一种可提高原子序重排准确性的原子序重排方法。

一种原子序重排方法，包括：

拓扑重排：将待重排原子序的结构参照参比结构运用二维拓扑重排方法进行重排；

等价原子判断：判断拓扑结构中的等价原子；

测量标记：标记重排结构和参比结构的原子手性信息；

二次重排：将重排结构参照参比结构进行二次重排原子序。

在优选的实施例中，所述测量标记步骤：根据原子序手性的测量与标记方法标记重排结构和参比结构的原子手性信息。

在优选的实施例中，所述原子序手性的测量与标记方法：以中心原子为起点，以顺时针方向取与中心原子连接的原子量取二面角，所取原子必须包含等价原子，如果二面角值大于0，则按照取原子顺序将拓扑一致的两个原子标记为True和Fslae，如果二面角值小于0，则按照取原子顺序将拓扑一致的两个原子标记为Fslae和True。

在优选的实施例中，所述原子手性为分子结构的原子序与自身镜像的原子序不重叠则判断具有原子序手性。

在优选的实施例中，所述原子手性为档原子的拓扑连接度大于等于3，则判断具有原子序手性。

在优选的实施例中，所述测量标记步骤：对同时连接两个拓扑等价原子的中心原子测量原子序手性，并将测量结果标注于等价的非氢原子上。

在优选的实施例中，所述等价原子判断包括：通过临接原子列表判断拓扑等价原子，所述临接原子列表根据原子的拓扑连接生成。

在优选的实施例中，所述等价原子为拥有等价临接原子列表的原子。

在优选的实施例中，如果与中心原子相连的原子中有大于等于2个等价原子则任意选择两个原子作为等价原子。

在优选的实施例中，所述二次重排步骤包括：将带原子性信息的原始结构和参比结构进行二次重排，得到与参比结构原子序一致的结构

上述原子序重排方法将标记重排结构和参比结构的原子手性信息，将重排结构参照参比结构进行二次重排原子序，引入原子序手性，将结构的部分3D信息包含至2D的拓扑原子序重排中，使原子序重排能充分考虑结构的3D信息，避免结构的原子序错乱，解决原子序不一致的问题，从而有利于后续准确计算结构力场能量。

附图说明