[发明专利]使用天然微生物条形码的植物定殖测定

权利要求书

1.一种对宿主细胞进行条形码编码的方法，所述方法包括：

(a)获得供体细胞；

(b)选择并分离所述供体细胞的基因组中的第一核苷酸序列，

选择并分离所述供体细胞的基因组中的第二核苷酸序列，

以及选择并分离所述供体细胞的基因组中的第三核苷酸序列；

(c)创建天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列作为：

(i)所述第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，

(ii)所述第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和

(iii)所述第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；以及

(d)将所述天然条形码多核苷酸盒插入与(a)中所述供体细胞为同一物种的宿主细胞的基因组中；其中(i)、(ii)和(iii)的所述核苷酸序列对于所述宿主细胞是天然的。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述供体细胞和所述宿主细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述供体细胞和所述宿主细胞中的每一种是细菌细胞。

4.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一种的所述核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA分离的。

5.如权利要求1所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一种的所述核苷酸序列是从16S rDNA或18S rDNA分离的。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述供体细胞的基因组中的所述第一核苷酸序列和所述供体细胞的基因组中的所述第三核苷酸序列以彼此相同的取向存在。

8.如权利要求1所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一种非天然地彼此紧邻地存在于所述宿主细胞的基因组中。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述条形码由少于100个核苷酸组成。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述引物结合位点和所述条形码的所述核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

13.如权利要求1所述的方法，其中将所述盒插入所述宿主细胞的基因组中在所述宿主细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。

14.如权利要求1所述的方法，其中将所述盒插入所述宿主细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。

15.如权利要求14所述的方法，其中将所述盒插入所述终止子区与所述两个编码区之一之间。

16.如权利要求1所述的方法，其中(d)中的所述宿主细胞与(a)中的所述供体细胞属于同一菌株。

17.如权利要求3所述的方法，其中所述细菌宿主细胞是转基因的。