[发明专利]癌症患者生存率的预测方法

权利要求书

1.一种为肺癌受试者提供预后的方法，所述方法包括：

(a)将受试者的生物样本与试剂接触，所述试剂与一组生物标志物的每个成员特异性结合，所述生物标志物包括ANLN、ASPM、CDCA4、ERRFI1、FURIN、GOLGA8A、ITGA6、JAG1、LRP12、MAFF、MRPS17、PLK1、PNP、PPP1R13L、PRKCA、PTTG1、PYGB、RPP25、SCPEP1、SLC46A3、SNX7、TPBG、XBP1；

(b)根据样本中生物标志物的核酸表达水平，确定受试者的风险分数；及

(c)根据受试者的风险分数，提供肺癌的预后。

2.根据权利要求1所述的方法，其中确定受试者的风险分数包括：

对于每个生物标志物，确定指示组织样本中核酸表达水平的分数；

根据确定的分数计算风险分数，其中风险分数通过将加权的生物标志物的分数相加计算得出，其中生物标志物的分数基于确定的分数，并且每个生物标志物的分数都具有相关的权重；及

将风险分数与阈值进行比较。

3.根据权利要求2所述的方法，其中GOLGA8A、SCPEP1、SLC46A3和XBP1中每个生物标记物分数的相关权重是负值，并且ANLN、ASPM、CDCA4、ERRFI1、FURIN、ITGA6、JAG1、LRP12、MAFF、MRPS17、PLK1、PNP、PPP1R13L、PRKCA、PTTG1、PYGB、RPP25、SNX7和TPBG中生物标记物分数的相关权重是正值。

4.根据权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述风险分数的加权总和是：

风险分数＝b₁x_1i+b₂x_2i+...+b_nx_ni

其中x_1i、x_2i、……、x_ni是每个受试者i的四个选定生物标志物的生物标志物分数，b₁、b₂、……、b_n是每个生物标志物分数的一组相关权重。

5.根据权利要求4所述的方法，进一步包括采用Cox比例风险模型确定加权总和的权重，所述Cox比例风险模型采用训练数据进行训练，所述训练数据包括关于一组受试者的多个生物标志物的信息。

6.根据权利要求5所述的方法，进一步包括识别在Cox比例风险模型中使用的多个生物标志物，其中所述多个生物标志物选自包括ANLN、ASPM、CDCA4、ERRFI1、FURIN、GOLGA8A、ITGA6、JAG1、LRP12、MAFF、MRPS17、PLK1、PNP、PPP1R13L、PRKCA、PTTG1、PYGB、RPP25、SCPEP1、SLC46A3、SNX7、TPBG、XBP1的组。

7.根据权利要求2至6中任一项所述的方法，其中所述阈值是训练数据的中值风险分数。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中确定指示生物标志物水平的分数包括确定缩放强度分数。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述生物标志物分数基于已通过减去调整因子而调整的缩放强度分数。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中确定指示生物标志物水平的分数包括当所述水平高于阈值时赋予第一值，当所述水平低于阈值时赋予第二值。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中确定指示生物标志物水平的分数包括当所述水平高于上阈值时赋予第一值，当所述水平低于上阈值但高于下阈值时赋予第二值，以及当所述水平低于下阈值时赋予第三值。

12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述试剂是核酸。