[发明专利]用于过敏治疗的基于表位的方法和克罗恩病的抑制剂

说明书

本公开涉及用于治疗过敏和克罗恩病的药物化合物和组合物以及方法。治疗过敏的方法可以包括(a)基于微生物组和过敏原的蛋白质组预测潜在表位；(b)过滤步骤a)中获得的潜在表位以产生一系列表位；以及(c)再造步骤b)中获得的所述一系列表位以产生新的表位。治疗克罗恩病的方法可以包括(a)鉴定HLA II类蛋白和/或血细胞凝集素针对I2超抗原的一个或多个结合区；(b)确定对应于所述一个或多个结合区的第一肽序列；以及(c)产生具有作为第一肽序列的突变的第二肽序列的肽抑制剂，其中相比第一肽序列，第二肽序列与I2超抗原具有更强的结合亲和力。

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年3月13日递交的标题为“Epitope-Based Approach ForVirulence Factors And/Or Food Allergy Treatments And Detection Methods,Systems,And/Or Therapeutics”的第62/817,564号美国临时专利申请；2019年3月13日递交的标题为“Epitope-Based Approach As A Detection And/Or Treatment Method,System,And/Or Therapeutic Composition For Peanuts Allergy And/Or RelatedDietary Food”的第62/817,621号美国临时专利申请；2019年3月26日递交的标题为“Unlocking The Microbiome For New Opportunities In Drug Discovery”的第62/824,095号美国临时专利申请；2019年4月2日递交的标题为“Design Of Inhibitors Of Crohn's Disease-Associated I2 Superantigen And MHC-II”的第62/828,074号美国临时专利申请；2019年4月11日递交的标题为“Unlocking The Microbiome For New OpportunitiesIn Drug Discovery”的第62/832,811号美国临时专利申请的权益，其全部通过引用整体并入本文中。

背景技术

食物过敏可包括由食物暴露，尤其是试剂，通常是蛋白质引起的过敏性免疫反应。食物过敏的来源不明。一些建议的因素是遗传、过度卫生、地理因素等。

用于治疗来源于过敏原和病原体的疾病的产品通常利用疫苗的经典概念，其已被开发为类似于天然病原体。一些治疗包括病原体或过敏原的一些典型的抗原组分；在其他情况下，使用的组分已被灭活、削弱和/或模拟。皮下免疫疗法、重组疫苗、口服免疫疗法(OIT)和益生菌舌下免疫疗法是最近报道的治疗食物过敏的方法。

然而，微生物组可能在防止食物过敏，和/或刺激不良反应方面发挥重要作用。表位，被描述为开发针对病原体、过敏或传染剂的新方法的宝贵工具，并且特别地基于表位的疫苗旨在通过来自病原体或过敏原的不同蛋白引发免疫反应，并且专注于可以分离出来进行合理修饰的一些特定的短氨基酸序列。合理修饰计算机工具针对的表位序列的能力可导致那些表位活性的增加或减少，否则其不会触发最佳免疫反应。就此而言，表位可以是来源于抗原的片段，其可以被抗体或免疫细胞如B或T细胞识别。来自蛋白质抗原的表位可分为构象表位和线性表位。构象表位由蛋白的不连续部分组成，而线性表位则是由来自抗原的连续氨基酸序列形成。

确定食物过敏原中潜在的T细胞表位对于开发基于肽的免疫疗法可能很重要。从过敏原中识别T细胞表位的传统方法使用跨越全长蛋白的重叠短肽。然而，因为必须测试许多肽，该方法可能很昂贵。

花生过敏是最常见的食物过敏，也是食物引起的过敏的原因之一；一种突发和潜在致命的病况，其需要立即关注和治疗，尤其是在美国的学龄儿童中。过敏反应的症状包括呼吸障碍、喉咙肿胀、血压下降、皮肤苍白或嘴唇发青、昏厥和头晕。除非立即用肾上腺素(肾上腺素)治疗，否则过敏反应可能是致命的。