[发明专利]犬科动物微生物组监测工具和诊断方法

说明书

提供了用于评估犬科动物微生物组健康的方法。该方法尤其包括检测从犬科动物获得的样品中的至少四种细菌分类群。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2019年1月18日提交的英国专利申请第1900744.2号的优先权，其内容通过引用整体并入本申请。

技术领域

本公开属于用于测定犬科动物微生物组健康的监测工具和诊断方法领域。

技术背景

近年来，人们对微生物组及其对健康的影响的了解显著增加。微生物组的变化及其与免疫、内分泌和神经系统的相互作用与多种疾病相关，多种疾病的范围从炎症性肠病[1-3]到癌症[4]以及到宿主健康的行为方面[5；6]。

微生物组的建立与免疫系统成熟同时发生，并在肠道生理和调节中发挥作用。肠道微生物群的初步建立是新生儿发育的重要步骤，影响婴儿期的免疫发育和整个生命的健康。因此，在人类和许多哺乳动物中，肠道微生物组发育的早期建立阶段发生了多样性的快速增加[7]。

成人肠道微生物组可以适应群落结构的巨大变化。在人类和其他哺乳动物中，它被认为在整个成年期都相对稳定。这种“成年微生物组”被认为代表了狗的健康肠道微生物组，与其他生命阶段相比，具有增强的恢复能力。在生命的早期阶段，幼犬的肠道屏障尚未发育，其中包括胃肠道微生物组以及组织学和肠道相关的免疫功能。因此，幼年犬(pyppy)和青年犬(young dog)更容易出现肠胃疾病，例如腹泻和生病等。较老的犬(senior dog)和老年犬(geriatric dog)也更容易出现腹泻和胃肠道并发症，部分原因可能是肠道微生物组的恶化。

鉴于微生物组对健康和幸福的重要性，找到测定动物微生物组健康的方法很重要。

发明内容

当前公开的主题提供了新开发方法，该方法允许测定犬科动物微生物组健康。本公开的方法可以以高精度实现这一点，如实施例中所示。

在一个方面，本公开提供了一种测定犬科动物微生物组健康的方法，包括对四种或更多种细菌物种(bacterial species)进行定量以确定它们的丰度；以及将所述丰度与对照数据集(control data set)中相同物种的丰度进行比较；其中所述四种或更多种细菌物种相对于所述对照数据集的丰度的增加或减少指示不健康的微生物组。如上所述，不健康的微生物组与许多健康病症有关，因此需要监测肠道微生物组的健康或诊断不健康的微生物组。

在另一方面，本公开的特征在于一种测定犬科动物微生物组健康的方法，包括检测从犬科动物获得的样品中的至少四种细菌分类群(bacterial taxa)；其中所述至少四种细菌分类群的存在指示健康的微生物组。

在另一方面，本公开的特征在于一种测定犬科动物微生物组健康的方法，该方法包括以下步骤：计算犬科动物微生物组内物种的多样性指数以及将该多样性指数与对照数据集的多样性指数进行比较。

在另一方面，本公开提供了一种监测犬科动物的方法，包括在至少两个时间点通过本公开的方法测定犬科动物微生物组的健康的步骤。这在犬科动物正在接受治疗以改变微生物组的情况下特别有用，因为它可以监控治疗的进展。它也可用于监测犬科动物的健康。

在一些实施方式中，本公开的方法包括改变微生物组的组成的进一步步骤。这可以通过饮食改变或功能性食品或补充剂和/或通过施用包含细菌的营养品或药物组合物来实现。这通常会在微生物组被认为需要或受益于增强或不健康的情况下进行，但也可以抢先进行。

在另一方面，还提供了一种监测犬科动物的微生物组健康的方法，所述犬科动物已经经历饮食改变或接受了能够改变微生物组的组成的功能性食品、补充剂、营养品或药物组合物，所述方法包括通过根据本公开的方法测定微生物组的健康。此类方法允许技术人员确定治疗的成功。优选地，这些方法包括测定治疗前后微生物组的健康状况，因为这有助于评估治疗的成功。