[发明专利]染色质相关蛋白的定量作图

权利要求书

1.一种核小体，其包括：

a.蛋白质八聚体，其包含组蛋白H2A、H2B、H3和H4各两个拷贝，以及任选的接头组蛋白H1；

b.DNA分子，其包含：

i.核小体定位序列，

ii.指示染色质相关蛋白(ChAP)捕获表位的DNA条形码；和

c.融合到一个或更多个组蛋白的N端和/或C端或所述DNA分子中的任何位置的ChAP捕获表位。

2.根据权利要求1所述的核小体，其中所述ChAP捕获表位是一个或更多个短肽标签。

3.根据权利要求2所述的核小体，其中所述一个或更多个短肽标签是FLAG(DYKDDDDK(SEQ ID NO：1))、HA(YPYDVPDYA(SEQ ID NO：2))、6His(HHHHHH(SEQ ID NO：3))、Myc(EQKLISEEDL(SEQ ID NO：4))、Strep-Ⅰ(AWRHPQFGG(SEQ ID NO：5))、Strep-Ⅱ(NWSHPQFEK(SEQ ID NO：6))、蛋白C(EDQVDPRLIDGK(SEQ ID NO：7))、V5、TY1或GST或所述标签的2、3、4或更多次重复物。

4.根据权利要求1或2所述的核小体，其中所述ChAP捕获表位是抗体结合序列。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的核小体，其中所述核小体中的每个组蛋白独立地是全合成、半合成或重组的。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的核小体，其中所述DNA分子还包括与所述DNA分子连接的结合元件，其中所述结合元件与结合配偶体特异性结合。

7.根据权利6所述的核小体，其中所述DNA分子在所述核小体定位序列和所述结合元件之间包含约10至约80个核苷酸长度的接头。

8.根据权利要求7所述的核小体，其中所述接头为约15至约40个核苷酸的长度。

9.根据权利要求8所述的核小体，其中所述接头为约15至约30个核苷酸的长度。

10.根据权利要求6-9中任一项所述的核小体，其中所述DNA分子包含核酸酶或转座酶识别序列。

11.根据权利要求10所述的核小体，其中所述核酸酶或转座酶识别序列被核酸内切酶识别。

12.根据权利要求11所述的核小体，其中所述核酸内切酶是微球菌核酸酶、S1核酸酶、绿豆核酸酶、胰DNA酶I、酵母HO核酸内切酶、限制性核酸内切酶或归巢核酸内切酶。

13.根据权利要求12所述的核小体，其中所述识别序列是富含A/T的区域。

14.根据权利要求10所述的核小体，其中所述核酸酶或转座酶识别序列被转座酶识别。

15.根据权利要求14所述的核小体，其中所述转座酶是Tn5、Mu、IS5、IS91、Tn552、Ty1、Tn7、Tn/O、Mariner、P元件、Tn3、Tn1O、Tn903或以上任何一种的修饰形式。

16.根据权利要求14或15所述的核小体，其中所述识别序列是富含G/C的区域。

17.根据权利要求6-16中任一项所述的核小体，其中所述结合元件及其结合配偶体是生物素与亲和素或链霉亲和素、nano标签与链霉亲和素、谷胱甘肽与谷胱甘肽转移酶、抗原/表位与抗体、聚组氨酸与镍、多核苷酸与互补多核苷酸、适体与其特定靶分子、或Si标签与二氧化硅。