[发明专利]微生物中的汇集基因组编辑

权利要求书

1.一种用于产生一或多个基因修饰的微生物菌株的方法，所述方法包括：

a.将微生物宿主细胞的基础群体与第一编辑质粒池组合，其中所述第一池中的每个编辑质粒包括至少一个修复片段，并且其中所述第一编辑质粒池包括至少两个不同的修复片段，其中所述第一池中的每个编辑质粒进一步包括选择标志基因，并且其中每个修复片段包括在所述微生物宿主细胞的所述基因组中的一或多个靶基因座中或邻近所述一或多个靶基因座的一或多个基因编辑的序列，并且其中所述一或多个基因编辑中的每个基因编辑的序列位于同源臂之间，其中所述同源臂包括与侧接来自所述微生物宿主细胞的所述基因组中的所述一或多个靶基因座的靶基因座的序列同源的序列；

b.将来自所述第一编辑质粒池的一或多个质粒引入到来自步骤(a)的个别微生物宿主细胞中；以及

c.使来自步骤(b)的所述微生物宿主细胞在对表达所述选择标志基因的微生物宿主细胞具有选择性的培养基中生长并从源自其的培养物中分离微生物宿主细胞，由此在所述微生物宿主细胞的第一编辑群体中产生所述一或多个基因修饰的微生物菌株。

2.一种用于产生一或多个基因修饰的微生物菌株的方法，所述方法包括：

a.将微生物宿主细胞的基础群体与第一编辑质粒池组合，其中所述第一池中的每个编辑质粒包括至少一个修复片段，其中所述第一编辑质粒池包括至少两个不同的修复片段，其中所述第一编辑质粒池中的每个编辑质粒进一步包括选择标志基因，并且其中所述微生物宿主细胞包括一或多个位点特异性限制酶，或者对一或多个位点特异性限制酶进行编码的一或多个序列与所述第一编辑质粒池一起引入到所述微生物宿主细胞中，其中所述一或多个位点特异性限制酶靶向所述微生物宿主细胞的所述基因组中的一或多个靶基因座，其中每个修复片段包括所述一或多个位点特异性限制酶所靶向的一或多个靶基因座中或邻近所述一或多个靶基因座的一或多个基因编辑的序列，并且其中所述一或多个基因编辑中的每个基因编辑的序列位于同源臂之间，其中所述同源臂包括与侧接来自所述微生物宿主的所述基因组中的所述一或多个靶基因座的靶基因座的序列同源的序列；

b.将来自所述第一编辑质粒池的一或多个质粒引入到来自步骤(a)的个别微生物宿主细胞中；以及

c.使来自步骤(b)的所述微生物宿主细胞在对表达所述选择标志基因的微生物宿主细胞具有选择性的培养基中生长并从源自其的培养物中分离微生物宿主细胞，由此在所述微生物宿主细胞的第一编辑群体中产生所述一或多个基因修饰的微生物菌株。