[发明专利]用于早期癌症检测的方法和组合物

权利要求书

1.一种检测受试者的非转移性癌症的方法，该方法包括：

(a)获得包含所述受试者的多个无细胞脱氧核糖核酸(cfDNA)多核苷酸的样品；

(b)使用所述多个cfDNA多核苷酸或其衍生物的至少一个子集来测量所述受试者的所述多个cfDNA多核苷酸的总cfDNA片段大小分布；

(c)计算机处理所述受试者的所述多个cfDNA多核苷酸的总cfDNA片段大小分布与来自健康对照的所述多个cfDNA多核苷酸的总cfDNA片段大小分布；以及

(d)当至少部分基于(c)的结果，所述总cfDNA片段大小分布显示，与所述健康对照相比，所述受试者中大小至多为170个碱基的片段增加时，将所述受试者归类为具有增加的非转移性癌症风险。

2.根据权利要求1所述的方法，其中(b)通过对所述多个cfDNA多核苷酸或其衍生物的至少所述子集进行测序来进行。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其进一步包括，在(b)之前从所述受试者的所述多个cfDNA多核苷酸制备单链脱氧核糖核酸(DNA)文库。

4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其进一步包括，在(b)之前从所述受试者的所述多个cfDNA多核苷酸制备双链DNA文库。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其进一步包括，在(b)之前：

(a)环化所述受试者的所述多个cfDNA多核苷酸中单独的cfDNA多核苷酸以形成多个环状多核苷酸；

(b)扩增所述环状多核苷酸以产生扩增的多核苷酸；

(c)对所述扩增的多核苷酸进行测序以产生多个测序读取；以及

(d)确定所述受试者的所述多个cfDNA多核苷酸中每个单独的cfDNA多核苷酸的长度。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述总cfDNA片段大小分布显示，与所述健康对照相比，所述受试者中大小为50个碱基至170个碱基的片段至少增加0.5％。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述总cfDNA片段大小分布显示，与所述健康对照相比，所述受试者中大小为50个碱基至170个碱基的片段至少增加1％。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述受试者没有被诊断为转移性癌症。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述受试者具有小于10％的肿瘤负荷。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述癌症选自结肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、乳腺癌、肝细胞癌、肝癌、皮肤癌、恶性黑素瘤、子宫内膜癌、食管癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌和脑癌。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述方法不包括从总cfDNA多核苷酸中分离肿瘤cfDNA多核苷酸。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述非转移性癌症为0期、1期、2期或3期。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其进一步包括向所述受试者推荐施用化学疗法。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其进一步包括向所述受试者推荐额外的癌症监测。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其进一步包括针对一个或多个靶序列富集所述多个cfDNA多核苷酸。

16.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括在环化所述单独的cfDNA多核苷酸之前针对一个或多个靶序列富集所述多个cfDNA多核苷酸。