[发明专利]用于抗体优化的变异核酸文库

说明书

本文提供了与优化抗体的文库有关的方法和组合物，所述优化抗体的文库具有编码包含修饰序列的抗体的核酸。本文所述的文库包括斑驳化的文库，其包含各自编码至少一个预定参考核酸序列的预定变体的核酸。本文进一步描述了当翻译所述核酸文库时生成的蛋白质文库。本文进一步描述了表达本文所述的斑驳化核酸文库的细胞文库。

交叉引用

本申请要求2019年2月26日提交的第62/810,379号美国临时专利申请和2019年4月5日提交的第62/830,296号美国临时专利申请的权益，所述临时申请中的每一个均通过引用而整体并入。

背景技术

抗体具有以高特异性和亲和力与生物靶标结合的能力。然而，由于免疫效应与功效的平衡，治疗性抗体的设计具有挑战性。因此，需要开发用于优化抗体性质的组合物和方法。

援引并入

本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度犹如具体地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。

发明内容

本文提供用于优化抗体的方法、组合物和系统。

本文提供了包含编码抗体或抗体片段的多个序列的核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于输入序列包含预定数目的突变；所述文库包含至少5,000个变异序列，其中所述至少5,000个变异序列中的每一个以不超过所述文库中其他任何变异序列的量的50％的量呈现；并且至少一个序列编码具有比所述输入序列更高的结合亲和力的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中所述文库包含至少50,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中所述文库包含至少100,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一些所述序列编码抗体轻链。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一些所述序列编码抗体重链。本文进一步提供了核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少一个突变。本文进一步提供了核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少两个突变。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个所述突变存在于至少两个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个所述突变存在于至少三个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列的种系序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少一个突变。

本文提供了抗体，其中所述抗体包含CDR-H3，该CDR-H3包含SEQ ID NO:1-35中的任一个的序列。本文提供了抗体，其中所述抗体包含CDR-H3，该CDR-H3包含SEQ ID NO:1-35中的任一个的序列；并且其中所述抗体是单克隆抗体、多克隆抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、移植抗体、人抗体、人源化抗体、合成抗体、嵌合抗体、骆驼化抗体、单链Fv(scFv)、单链抗体、Fab片段、F(ab')2片段、Fd片段、Fv片段、单结构域抗体、分离的互补决定区(CDR)、双抗体、仅由单个单体可变域组成的片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、胞内抗体、抗独特型(抗-Id)抗体，或它们的抗原结合片段。

本文提供了抑制PD-1活性的方法，其包括施用如本文所述的抗体。本文提供了治疗增生性病症的方法，其包括向有需要的受试者施用如本文所述的抗体。本文进一步提供了治疗增生性病症的方法，其中所述增生性病症是癌症。本文进一步提供了治疗增生性病症的方法，其中所述癌症是肺癌、头颈部鳞状细胞癌、结直肠癌、黑素瘤、肝癌、经典霍奇金淋巴瘤、肾癌、胃癌、宫颈癌、merkel细胞癌、B细胞淋巴瘤或膀胱癌。