[发明专利]基于序列的高通量方法产生骆驼抗体以高分辨率覆盖广泛表位

权利要求书

1.一种产生对抗原特异的骆驼抗体的方法，包括：

a)从对抗原特异的免疫骆驼科动物中富集和增殖B细胞；

b)生成抗体NGS库，其中包含来自抗原特异性B细胞的VHH²、VHH³和VH¹链序列；

c)按谱系对NGS库中VHH²、VHH³和VH¹链的抗体序列分组；

d)通过一个或多个谱系优先因素对来自步骤c)的谱系排序；

e)从NGS库中根据步骤d)的排名靠前的含VHH²或VHH³的谱系中选择代表性序列；和

f)测试包含步骤e)中所选序列的抗体以确定该抗体是否与抗原或其部分结合。

2.如权利要求1所述的产生骆驼抗体的方法，其特征在于，在来自谱系的CDR3组中特定CDR3的最小CDR3距离小于或等于1，其中，特定CDR3的最小CDR3距离是此类CDR3相较其他相同长度的CDR3的最小汉明距离。

3.如权利要求1或2所述的产生骆驼抗体的方法，所述方法还包括以VHH独特特征细分谱系，所述VHH独特特征选自下组：

i)FR2亲水区，

ii)延长的CDR1，

iii)CDR1-CDR3或FR2-CDR3之间的额外二硫键，

iv)CDR3内的额外二硫键，

v)长CDR3(≥15aa)，

vi)CDR1内的额外二硫键，

vii)具有与常规IgG1相同的V和J种系的非经典VHH，

viii)具有预定序列特征的非经典VHH，

ix)新的经典结合环结构，以及

x)收敛基序或序列特征。

4.如权利要求1-3任一项所述的产生骆驼抗体的方法，其中谱系优先因素选自下组：序列丰度从高到低的谱系、扩增系数从高到低的谱系、免疫过程谱系序列丰度变化、在耗尽某些不需要的B细胞之前和之后谱系序列丰度变化、在VHH和VH¹之间共享相同幼稚B细胞来源的谱系、避免可开发性不佳序列，和它们的组合。

5.如权利要求1-4中任一项所述的产生骆驼抗体的方法，其特征在于，在e)中选择VHH²和VHH³的前100个谱系。

6.如权利要求1-5任一项所述的产生骆驼抗体的方法，其特征在于，f)中的抗体由原核或真核细胞表达。

7.如权利要求1-6中任一项所述的产生骆驼抗体的方法，其特征在于，所述方法还包括监测骆驼抗体IgG2(HcAb)、IgG3(HcAb)和IgG1(常规IgG)的免疫反应。

8.如权利要求1-7中任一项所述的产生骆驼抗体的方法，其特征在于，还包括重复e)-f)步骤以优化所选VHH²或VHH³仅重链抗体的相同谱系组内的序列。