[发明专利]将沉默活性引入多个功能性失调的RNA分子并修饰其对一感兴趣的基因的特异性

权利要求书

1.一种在一细胞中产生具有一沉默活性的一RNA分子的方法，其特征在于：所述方法包括：

(a)鉴定编码多个RNA分子的多个核酸序列，所述编码多个RNA分子的所述多个核酸序列表现出一预定的序列同源性范围，但不包括完全同一性，相对于编码与RNA诱导的沉默复合物结合的多个RNA分子的多个核酸序列；

(b)决定编码所述多个RNA分子的所述多个核酸序列的转录，以选择多个可转录核酸序列，所述多个可转录核酸序列编码表现出所述预定的序列同源性范围的所述多个RNA分子；

(c)决定所述多个可转录核酸序列的多个转录体加工成多个小RNA的可加工性，所述多个可转录核酸序列编码表现出所述预定的序列同源性范围的所述多个RNA分子，以选择多个可转录核酸序列，所述多个可转录核酸序列编码表现出所述预定的序列同源性范围的所述多个RNA分子，其中所述多个RNA分子被异常加工；

(d)修饰所述多个可转录核酸序列的一核酸序列，所述多个可转录核酸序列的所述核酸序列编码表现出所述预定的序列同源性范围的所述多个异常加工的RNA分子，以赋予与RNA诱导的沉默复合物结合且与一第一靶RNA互补的多个小RNA的可加工性，

从而在所述细胞中产生具有所述沉默活性的所述RNA分子。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：由所述多个鉴定的核酸序列编码的步骤(a)的所述多个RNA分子表现出一预定的序列同源性范围，但不包括完全同一性，相对于与RNA诱导的沉默复合物结合和/或被加工成与RNA诱导的沉默复合物结合的多个分子的多个RNA分子。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：在步骤(d)中赋予可加工性包括赋予典型加工，相对于由所述多个核酸序列的一核酸序列编码的一RNA分子，所述多个核酸序列编码与RNA诱导的沉默复合物结合的多个RNA分子。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其特征在于：进一步包括决定所述多个核酸序列的所述基因组位置，所述多个核酸序列编码表现出步骤(a)的所述预定的序列同源性范围的所述多个RNA分子。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述基因组位置在一非编码基因中，可选择地在一非编码基因的一内含子之内。

6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述基因组位置在一编码基因中，可选择地在编码基因的一外显子之内、可选择地在编码一编码基因的一非转译区的一外显子之内，或者可选择地在一编码基因的一内含子之内。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其特征在于：步骤(b)和/或步骤(c)受小RNA表达数据与所述细胞的一基因组比对的影响以及决定映射到每个基因组位置的读取数量的影响。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于：所述多个小RNA的所述比对是与所述细胞的所述基因组中没有不匹配的一预定位置比对。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其特征在于：所述修饰所述多个可转录核酸序列的所述核酸序列的步骤赋予所述多个异常加工的RNA分子的一结构，所述多个异常加工的RNA分子引起所述多个RNA分子加工成与RNA诱导的沉默复合物结合的多个小RNA。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于：在与所述第一靶RNA的所述结合位点相对应的核酸不同的核酸上实现所述修饰所述多个可转录核酸序列的一核酸序列的步骤，所述多个可转录核酸序列的所述核酸序列编码表现出所述预定的序列同源性范围的所述多个异常加工的RNA分子。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其特征在于：所述可加工性受选自由Dicer、Argonaute、tRNA切割酶和Piwi相互作用RNA相关蛋白所组成的群组的多个细胞核酸酶的影响。