[发明专利]用于检测细胞内一个或多个DNA分子内相互作用的方案

权利要求书

1.一种用于检测细胞内一个或多个DNA分子内元件之间的相互作用的方法，其中所述元件在一级DNA序列中不相邻，所述方法包括：

a)提供细胞，其中紧邻的一个或多个DNA分子内的元件是交联的；

b)同时裂解所述细胞和机械地分裂所述细胞内的所述DNA分子；

c)邻位连接所述一个或多个分裂DNA分子；

d)逆转所述连接DNA分子中的交联；

e)对所述连接DNA分子进行测序；以及

f)分析测序数据以检测所述细胞内所述一个或多个DNA分子内元件之间的相互作用。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述细胞被裂解并且通过珠磨分裂所述DNA分子。

3.一种用于检测细胞或细胞核内一个或多个DNA分子内元件之间的相互作用的方法，其中所述元件在一级DNA序列中不相邻，所述方法包括：

a)提供细胞或细胞核，其中紧邻的一个或多个DNA分子内的元件是交联的；

b)通过珠磨机械地分裂所述细胞内的所述DNA分子；

c)邻位连接所述一个或多个分裂DNA分子；

d)逆转所述连接DNA分子中的交联；

e)对所述连接DNA分子进行测序；以及

f)分析测序数据以检测所述细胞内所述一个或多个DNA分子内元件之间的相互作用。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，还包括交联所述DNA分子和/或DNA相互作用蛋白质的初始步骤。

5.根据权利要求4所述的方法，其中通过用甲醛和/或戊二酸二琥珀酰亚胺酯(DSG)处理所述细胞来实现交联。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在步骤(c)之前使步骤(b)中产生的所述DNA片段平末端化的步骤。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在步骤(c)或(d)之后将接头添加到所述DNA片段的末端的步骤。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述接头是测序接头。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述测序接头是PCR测序接头。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在步骤(d)之后纯化所述DNA片段的步骤。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在步骤(b)、(c)或(d)之后选择所需大小的DNA片段。

12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在步骤(e)之前富集一个或多个关注的DNA分子的步骤。

13.根据权利要求12所述的方法，其中通过将一种或多种标记的寡核苷酸与所述DNA分子内的一个或多个关注的区域杂交并选择标记的DNA分子来富集关注的DNA片段。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述寡核苷酸用亲和标签标记，并且通过与所述亲和标签的结合配偶体结合来选择标记的DNA分子。

15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中测序通过基于纳米孔的方法进行。

16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述DNA分子包含染色体序列和/或染色体外序列。

17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述分析所述测序数据的步骤包括识别来自所述一个或多个DNA分子内不同元件的串联序列，从而检测一个或多个DNA元件中的相互作用元件。

18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述元件是染色体内的基因座。