[发明专利]持久临床获益的癌症生物标志物

权利要求书

1.一种治疗患有肿瘤的患者的方法，其包括：

(a)确定从所述患者采集的样品对生物标志物呈阳性或阴性，所述生物标志物预测所述患者可能对第一治疗剂产生抗肿瘤反应，所述第一治疗剂包含(i)包含蛋白的新表位的一种或多种肽，(ii)编码所述一种或多种肽的多核苷酸，(iii)包含所述一种或多种肽或者编码所述一种或多种肽的多核苷酸的一种或多种APC，或(iv)对与HLA蛋白复合的所述一种或多种肽的新表位特异性的T细胞受体(TCR)，以及

(b)如果存在所述生物标志物，则用包含所述第一治疗剂的治疗方案治疗所述患者；或如果不存在所述生物标志物，则用不包含所述第一治疗剂的治疗方案治疗所述患者，其中所述生物标志物包含肿瘤微环境(TME)特征。

2.根据权利要求1所述的方法，其中TME基因特征包含B细胞特征、三级淋巴样结构(TLS)特征、肿瘤炎症特征(TIS)、效应/记忆样CD8+T细胞特征、HLA-E/CD94特征、NK细胞特征、MHC II类特征或功能性Ig CDR3特征。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述B细胞特征包含基因的表达，所述基因包含CD20、CD21、CD3、CD22、CD24、CD27、CD38、CD40、CD72、CD79a、IGKC、IGHD、MZB1、MS4A1、CD138、BLK、CD19、FAM30A、FCRL2、MS4A1、PNOC、SPIB、TCL1A、TNFRSF17或其组合。

4.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述TLS特征指示三级淋巴样结构的形成。

5.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述三级淋巴样结构代表淋巴细胞的聚集体。

6.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述TLS特征包含基因的表达，所述基因包含CCL18、CCL19、CCL21、CXCL13、LAMP3、LTB、MS4A1或其组合。

7.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述TIS特征包含炎症基因、细胞因子、趋化因子、生长因子、细胞表面相互作用蛋白、肉芽因子或其组合。

8.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述TIS特征包含CCL5、CD27、CD274、CD276、CD8A、CMKLR1、CXCL9、CXCR6、HLA-DQA1、HLA-DRB1、HLA-E、IDO1、LAG3、NKG7、PDCD1LG2、PSMB10、STAT1、TIGIT或其组合。

9.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述效应/记忆样CD8+T细胞特征包含基因的表达，所述基因包含CCR7、CD27、CD45RO、CCR7、FLT3LG、GRAP2、IL16、IL7R、LTB、S1PR1、SELL、TCF7、CD62L或其任何组合。

10.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述HLA-E/CD94特征包含基因CD94(KLRD1)、CD94配体、HLA-E、KLRC1(NKG2A)、KLRB1(NKG2C)或其任何组合的表达。

11.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述HLA-E/CD94特征进一步包含HLA-E：CD94相互作用水平。

12.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述NK细胞特征包含基因CD56、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CXCL8、IFN、IL-2、IL-12、IL-15、IL-18、NCR1、XCL1、XCL2、IL21R、KIR2DL3、KIR3DL1、KIR3DL2或其组合的表达。