[发明专利]染色体外DNA鉴定和使用方法

权利要求书

1.鉴定细胞中染色体外DNA(ecDNA)的方法，其包括：

(a)检测非线性DNA分子与染色体对中至少一个线性染色体之间的染色质相互作用，其中所述相互作用包括所述非线性DNA分子与所述染色体对中至少一个线性染色体之间的接触，并且其中存在以下项则将所述非线性DNA分子鉴定为ecDNA：

(i)在所述细胞中所检出的染色质相互作用的显著高频率；

(ii)所述非线性DNA分子与所述细胞中每个染色体对中至少一个线性染色体之间的接触；以及

(iii)在多个细胞中所述非线性DNA分子的平均每细胞拷贝数随时间的增加。

2.权利要求1所述的方法，其还包括确定所述所检出的染色质相互作用的频率。

3.权利要求1或2所述的方法，其还包括确定所述非线性DNA的大小。

4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其还包括确定所述细胞中非线性DNA分子的拷贝数。

5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其还包括在第一时间确定多个细胞中所述非线性DNA分子的平均每细胞拷贝数，并将所确定的平均值与所述非线性DNA的对照平均每细胞拷贝数进行比较。

6.权利要求5所述的方法，其中所述非线性DNA分子的对照平均每细胞拷贝数是在不同时间点在所述多个细胞中确定的非线性DNA分子的平均每细胞拷贝数。

7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其还包括确定所述非线性DNA的至少一部分的序列。

8.权利要求7所述的方法，其还包括在所确定的序列中鉴定癌基因序列的存在。

9.权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述细胞是癌细胞。

10.权利要求9所述的方法，其中所述细胞从包含所述癌细胞的多个细胞中获得。

11.权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述细胞从对象获得。

12.权利要求11所述的方法，其中所述对象是以下中的至少一种：被诊断患有癌症、被怀疑患有癌症和处于患癌症的风险中。

13.权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述细胞从细胞培养物获得。

14.权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述细胞是脊椎动物细胞。

15.权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述细胞是哺乳动物细胞，并且任选地是人细胞。

16.鉴定受ecDNA调节的癌基因的方法，所述方法包括：

(a)检测ecDNA与位于细胞中的一种或更多种靶基因之间的相互作用，其中所述检测包括直接测量所述ecDNA与所述一种或更多种靶基因的调节元件之间的染色质相互作用；

(b)鉴定步骤(a)中检出的相互作用的靶基因中的一种或更多种，其中所述靶基因的转录受所检出的相互作用的调节；以及

(c)确定步骤(b)中鉴定的靶基因中的一种或更多种是否为癌基因，其中所述靶基因被确定为癌基因则将所述癌基因鉴定为受ecDNA调节的癌基因。

17.权利要求16所述的方法，其中步骤(b)中的所述鉴定包括测量所鉴定的靶基因的转录水平，并将所测得的水平与所述靶基因的对照转录水平进行比较。

18.权利要求16所述的方法，其中所述转录调节是转录提高。