[发明专利]单细胞染色质免疫沉淀测序测定

权利要求书

1.一种标记细胞中核靶缔合的DNA的方法，所述方法包括：

使包含与双链脱氧核糖核酸(dsDNA)缔合的核靶的细胞透化，其中任选地所述dsDNA是基因组DNA(gDNA)；

使所述核靶与消化组合物接触以产生各自包含单链突出端的多于一种核靶缔合的dsDNA片段，所述消化组合物包含DNA消化酶和能够与所述核靶特异性结合的结合试剂，其中每种结合试剂包含含有针对所述结合试剂的独特标识符序列的结合试剂特异性寡核苷酸；

使用第一多于一种寡核苷酸条形码将所述多于一种核靶缔合的dsDNA片段或其产物条形码化以产生多于一种条形码化核靶缔合的DNA片段，所述多于一种条形码化核靶缔合的DNA片段各自包含与所述核靶缔合的dsDNA片段的至少一部分互补的序列，其中所述第一多于一种寡核苷酸条形码中的每一种寡核苷酸条形码包含能够杂交到所述多于一种核靶缔合的dsDNA片段或其产物的第一靶结合区；以及

使用第二多于一种寡核苷酸条形码将所述结合试剂特异性寡核苷酸或其产物条形码化以产生多于一种条形码化结合试剂特异性寡核苷酸，所述多于一种条形码化结合试剂特异性寡核苷酸各自包含与所述独特标识符序列的至少一部分互补的序列，其中所述第二多于一种寡核苷酸条形码中的每一种寡核苷酸条形码包含能够与所述结合试剂特异性寡核苷酸或其产物杂交的第二靶结合区。

2.根据权利要求1所述的方法，其中使所述核靶与所述消化组合物接触包括使所述消化组合物与透化的细胞接触。

3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中使所述核靶与所述组合物接触包括所述结合试剂和所述DNA消化酶进入所述透化的细胞并且所述结合试剂与所述核靶结合。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述消化组合物包含含有所述结合试剂和所述消化酶的融合蛋白，任选地其中所述融合蛋白的尺寸被设置以通过所述细胞的核孔扩散。

5.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述消化组合物包含含有所述结合试剂和所述消化酶的缀合物，任选地其中所述缀合物的尺寸被设置以通过所述细胞的核孔扩散。

6.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述DNA消化酶包含能够与所述结合试剂特异性结合的结构域，并且任选地所述DNA消化酶的所述结构域包含蛋白A、蛋白G、蛋白A/G或蛋白L中的至少一种。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述结合试剂和所述DNA消化酶在与所述透化的细胞接触时彼此分开，并且其中所述结合试剂和所述DNA消化酶分别地进入所述细胞。

8.根据权利要求6-7中任一项所述的方法，其中所述DNA消化酶在所述细胞的核内结合所述结合试剂。

9.根据权利要求6-8中任一项所述的方法，其中所述DNA消化酶在进入所述细胞的核之前结合所述结合试剂，并且其中与所述结合试剂结合的所述DNA消化酶的尺寸被设置以通过所述细胞的核孔扩散。

10.根据权利要求6-9中任一项所述的方法，其中所述DNA消化酶在所述结合试剂结合所述核靶之前结合所述结合试剂。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中与所述结合试剂结合的所述缀合物、所述融合蛋白和/或所述DNA消化酶具有不多于120nm的直径。

12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述第一靶结合区与所述核靶缔合的dsDNA片段的所述单链突出端的至少一部分互补。