[发明专利]用于检测粪便样品中的幽门螺杆菌水平的方法

说明书

本公开提供了用于检测样品中的幽门螺杆菌水平的方法和材料。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2019年5月23日提交的美国专利申请第62/852,016号的权益和优先权，所述美国专利申请以全文引用的方式并入本文中。

技术领域

本公开总体上涉及用于检测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori，H.pylori)的方法和材料。

序列表

本申请包含已经以ASCII格式电子提交的序列表，并且特此以全文引用的方式并入。创建于2020年5月26日的所述ASCII副本命名为“116110-5004-WO_ST25_Sequence_Listing”，并且大小为4千字节。

背景技术

幽门螺杆菌是全球最普遍的人类病原体之一，估计世界上50％的人口受到感染。幽门螺杆菌主要存在于胃中，并且在慢性胃炎、消化性溃疡、粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤、胃癌(gastric carcinoma和gastric cancer)的发病机理中起重要作用。

目前对幽门螺杆菌的诊断测试，包含免疫组织化学(IHC)、尿素呼气测试(UBT)和粪便抗原测试由于各种原因不被看好。IHC要求有创的胃活检，并且尤其不利于用于治疗后的随访。UBT和粪便抗原测试两者均缺乏保真度，产生不可接受的假阳性率和假阴性率。此外，用质子泵抑制剂治疗是用于表现出与幽门螺杆菌感染相关联的症状的患者的常见方案，可能影响UBT和粪便抗原结果两者，从而使解释复杂化。此外，UBT不能用于3岁以下的儿童或孕妇。

检测幽门螺杆菌的传统方法还有其它缺点。例如，此类方法只能测试单个幽门螺杆菌菌株，并且因此可能无法提供样品中不同菌株群体的完整图景。这在幽门螺杆菌感染率高的地区尤其如此，在所述地区，患者更有可能感染多种幽门螺杆菌菌株。此外，这些方法需要培养幽门螺杆菌，所述方法很繁琐并且由于采样偏差和样品在运输期间保存不良而引起失败的频率很高。

因此，需要一种更快更可靠的无创测试来确定患者样品中的幽门螺杆菌的存在。

发明内容

本公开涉及用于检测样品(例如，粪便样品)中的幽门螺杆菌(H.pylori)，包含例如检测来自受试者的样品中的幽门螺杆菌的阈值水平的方法和材料。在各实施例中，本公开进一步涉及检测来自拟杆菌属(正常受试者中普遍存在的肠道细菌属)的成员的DNA片段，以及使用拟杆菌属DNA片段的水平作为内部对照来确定粪便样品中的幽门螺杆菌水平。另外，本公开涉及包括PCR引物对的组合物和试剂盒，所述PCR引物对用于来自粪便样品的幽门螺杆菌DNA和拟杆菌属DNA的多重定量PCR。

本公开也提供了用于检测粪便样品中的存在的幽门螺杆菌水平的方法和材料。所述方法可以包括：从受试者获得粪便样品；从所述粪便样品中提取幽门螺杆菌DNA和拟杆菌属DNA；扩增一个或多个幽门螺杆菌DNA片段和一个或多个拟杆菌属DNA片段；检测所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的量和所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的量；以及将所述一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的所述量与所述一个或多个拟杆菌属DNA片段的所述量进行比较，以确定所述粪便样品中的幽门螺杆菌水平。

在上述或以下提及的实施例中的每个或任何实施例的一些实施例中，本公开提供了用于检测粪便样品中存在的幽门螺杆菌水平，以及确定所述粪便样品是否呈幽门螺杆菌阳性、幽门螺杆菌弱阳性或幽门螺杆菌阴性的方法和材料。

在上述或以下提及的实施例中的每个或任何实施例的一些实施例中，本公开提供了一种方法：如果检测到一个或多个幽门螺杆菌DNA片段的约5个或更多个拷贝的阈值水平，并且检测到一个或多个拟杆菌属DNA片段的约50个、约60个、约70个、约80个、约90个、约100个、约110个、约120个、约130个、约140个、约150个或更多个(优选地100个)拷贝的水平，则确定粪便样品呈幽门螺杆菌阳性。