[发明专利]差异定量核酸的方法

权利要求书

1.一种使用差异甲基化基因座差异定量生物样品中的核酸的方法，所述方法包括：

提供包括甲基化敏感限制酶的溶液；

提供生物样品，其中所述生物样品包括第一多个核酸和第二多个核酸，并且其中所述第一多个核酸和所述第二多个核酸中的每一个进一步包括一组甲基化的核酸和一组未甲基化的核酸；

通过将所述生物样品和所述溶液结合形成消化的生物样品，使得所述甲基化敏感限制酶切割所述一组未甲基化的核酸；

通过将所述消化的生物样品与下述物质结合形成反应混合物：

配置为扩增所述第一多个核酸和所述第二多个核酸的一组扩增寡聚物；

配置为与所述第一多个核酸的区域退火的第一组检测探针；和

配置为与所述第二多个核酸的区域退火的第二组检测探针；

扩增所述反应混合物以产生来自所述第一组检测探针的第一信号和来自所述第二组检测探针的第二信号；

确定包括源自所述第一信号的第一值与源自所述第二信号的第二值的比率；和

鉴定所述生物样品中源自所述第一多个核酸的核酸的比例。

2.根据权利要求1所述的方法，进一步包括在扩增之前将所述反应混合物分配到反应体积中。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一信号和所述第二信号各自包括从包含来自所述第一多个核酸和所述第二多个核酸中的每一个的扩增子的扩增反应体积的总数产生的累积信号测量值。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一信号和所述第二信号均在单个荧光通道中产生。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一信号和所述第二信号在多于一个荧光通道中产生。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述反应混合物进一步包括缓冲液、试剂、热稳定聚合酶和三磷酸脱氧核糖核苷酸中的一种或多种。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述一组扩增寡聚物包括正向扩增寡聚物和反向扩增寡聚物。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品包括来自一种或多种生物体的基因组DNA。

9.根据权利要求1所述的方法，其中第一组检测探针和第二组检测探针各自进一步包括可检测标记。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述可检测标记选自化学发光标记、荧光标记或其任意组合。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一组检测探针和所述第二组检测探针各自进一步包括猝灭剂。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述比率是在不定量所述第一多个核酸和第二多个核酸的情况下确定的。

13.根据权利要求1所述的方法，其中鉴定所述生物样品中源自第一多个核酸的核酸的比例进一步包括确定所述生物样品中甲基化核酸的分数。

14.根据权利要求13所述的方法，其中确定所述生物样品中甲基化核酸的分数包括将所述比率与参考值进行比较。

15.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品包括来自怀孕女性的全血。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述全血包括母体核酸和胎儿核酸。

17.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一多个核酸包括胎儿核酸序列。

18.根据权利要求1所述的方法，其中所述第二多个核酸包括母体核酸序列。