[发明专利]细胞培养方法和组合物

权利要求书

1.在体外维持细胞的方法，所述方法包括以下步骤：

-提供在细胞培养中的感兴趣的细胞；

-确定所述细胞中每个蛋白编码基因的H3K4me3修饰区的差异宽度；

-确定所述细胞中每个蛋白编码基因的差异广度得分(DBS)；

-基于DBS和至少一个网络上每个蛋白编码基因的蛋白产物之间的相互作用，确定所述细胞中每个蛋白编码基因的网络得分，

-基于DBS和网络得分的组合，确定所述细胞中每个蛋白编码基因的细胞身份得分(RegDBS)；

-根据每个蛋白编码基因的RegDBS对所述每个蛋白编码基因进行优先级排序，从而鉴定出所述细胞的细胞身份基因，其中每个细胞身份基因编码与感兴趣的细胞的细胞身份相关的因子；

-使所述感兴趣的细胞与一种或多种与所述细胞的细胞身份相关的因子接触；

-将所述感兴趣的细胞在允许在细胞培养中维持所述细胞的条件下培养足够长的时间；

从而在体外维持感兴趣的细胞。

2.在体外维持细胞的方法，所述方法包括：

i.提供在细胞培养中的感兴趣的细胞；

ii.鉴定出编码促进所述细胞维持的因子或其变体的蛋白编码基因，其中所述蛋白编码基因包含至少一个H3K4me3修饰区；

iii.使所述感兴趣的细胞与至少两种因子或其变体接触，以促进所述细胞的至少一种特征的维持；

iv.将所述感兴趣的细胞在允许在细胞培养中维持所述细胞的条件下培养足够长的时间；

从而在体外维持感兴趣的细胞。

3.在体外维持细胞的方法，所述方法包括：

i.提供在细胞培养中的感兴趣的细胞；

ii.鉴定出编码促进所述细胞的维持的因子或其变体的蛋白编码基因，其中所述蛋白编码基因包含至少一个H3K4me3修饰区；

iii.使所述感兴趣的细胞与一种或多种因子或其变体接触，以促进所述细胞的至少一种特征的维持；

iv.将所述感兴趣的细胞在允许在细胞培养中维持所述细胞的条件下培养足够长的时间；

从而在体外维持感兴趣的细胞。

4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的细胞是已分化的细胞、正在分化的细胞、未分化的细胞或已转分化的细胞。

5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的细胞是组织。

6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的细胞选自衍生自外胚层、中胚层和内胚层的细胞。

7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的细胞选自由以下组成的组：星形胶质细胞、神经球、心肌细胞、平滑肌细胞、内皮细胞、肌细胞、成纤维细胞、黑素细胞、上皮细胞、角质形成细胞、黑素细胞和单核细胞，或表2中列出的任何细胞或组织。

8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中与所述细胞身份相关的因子是表2中列出的任意一种或多种因子。

9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中将所述感兴趣的细胞在允许维持所述细胞的条件下培养足够长的时间，包括将所述细胞培养至少3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天或更多天。

10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述H3K4me3修饰区的差异宽度由以下确定：

-获取关于感兴趣的细胞中每个蛋白编码基因的H3K4me3修饰区的宽度的信息，以获得所述细胞中每个蛋白编码基因的基因峰宽度得分(B)；和

-计算细胞中每个基因的基因宽度得分与不同类型细胞的群体中相同基因的平均基因峰宽度得分之间的差异，从而确定所述感兴趣的细胞中每个蛋白编码基因的差异广度得分(DBS)。