[发明专利]用于空间组学测序的确定性条形码

权利要求书

1.一种方法，所述方法包括：

(a)将与固定组织切片的核酸结合的第一组条形码多核苷酸递送至安装在一基板上的哺乳动物组织的固定切片中的感兴趣区域，其中所述第一组条形码多核苷酸通过夹持在所述感兴趣区域的第一微流体装置递送，其中所述第一微流体装置包括5-50个可变宽度微通道，每个微通道具有(i)入口端和出口端，(ii)入口端和出口端处50-150μm的宽度，和(iii)感兴趣区域处10-50μm的宽度；

(b)将逆转录试剂递送至所述感兴趣区域，以产生与所述第一组条形码多核苷酸连接的cDNA；

(c)将第二组条形码多核苷酸递送至所述感兴趣区域，其中所述第二组条形码多核苷酸通过夹持在所述感兴趣区域的第二微流体装置递送，其中所述第二微流体装置包括5-50个可变宽度微通道，每个微通道具有(i)入口端和出口端，(ii)入口端和出口端处有50-150μm的宽度，和(iii)感兴趣区域处有10-50μm的宽度，其中所述第二微流体装置位于与所述第一微流体装置的微通道方向垂直的感兴趣区域上；

(d)将连接试剂递送至所述感兴趣区域，以将第一组条形码多核苷酸连接至第二组条形码多核苷酸；

(e)对所述感兴趣区域成像以产生样本图像；

(f)将裂解缓冲液或变性试剂递送至所述感兴趣区域，以产生裂解或变性组织样本；和

(g)从所述裂解或变性组织样本中提取cDNA。

2.一种方法，所述方法包括：

(a)将结合剂DNA标签偶联物递送至安装在一基板上的哺乳动物组织的固定切片中的感兴趣区域，其中所述结合剂DNA标签偶联物包含(i)特异性结合至感兴趣蛋白质的结合剂分子，和(ii)DNA标签，其中所述DNA标签包含结合剂条形码和polyA序列；

(b)将与固定组织切片的核酸结合的第一组条形码多核苷酸递送至所述感兴趣区域，其中所述第一组条形码多核苷酸通过夹持在所述感兴趣区域的第一微流体装置递送，任选地其中所述第一微流体装置包括5-50个可变宽度微通道，每个微通道具有(i)入口端和出口端，(ii)入口端和出口端处有50-150μm的宽度，和(iii)感兴趣区域处有10-50μm的宽度；

(c)将逆转录试剂递送至所述感兴趣区域，以产生与所述第一组条形码多核苷酸连接的cDNA；

(d)将第二组条形码多核苷酸递送至所述感兴趣区域，其中所述第二组条形码多核苷酸通过夹持在所述感兴趣区域的第二微流体装置递送，任选地其中所述第二微流体装置包括5-50个可变宽度微通道，每个微通道具有(i)入口端和出口端，(ii)入口端和出口端处有50-150μm的宽度，和(iii)感兴趣区域处有10-50μm的宽度，其中所述第二微流体装置位于与所述第一微流体装置的微通道方向垂直的感兴趣区域上；

(e)将连接试剂递送至所述感兴趣区域，以将第一组条形码多核苷酸连接到第二组条形码多核苷酸；

(f)对所述感兴趣区域成像以产生样本图像；

(g)将裂解缓冲液或变性试剂递送至所述感兴趣区域，以产生裂解或变性组织样本；和

(h)从所述裂解或变性组织样本中提取cDNA。

3.如权利要求1或2所述的方法，所述方法进一步包括对所述cDNA进行测序以产生cDNA读数。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述测序包括模板转换所述cDNA以在与第一PCR句柄末端序列相反的末端添加第二PCR句柄末端序列，扩增所述cDNA，通过标记产生测序构建体，和对所述测序构建体进行测序以产生cDNA读数。

5.如权利要求3或4所述的方法，所述方法进一步包括通过将空间可寻址条形码偶联物与相应的cDNA读数匹配来构建所述组织切片的空间分子表达图。

6.如权利要求5所述的方法，所述方法进一步包括通过将所述空间分子表达图与所述样本图像相关联来识别所述核酸的解剖位置。