[发明专利]皮克量DNA的全基因组测序方法

权利要求书

1.一种单细胞或细胞群的全基因组测序方法，用于识别所述单细胞或细胞群的基因组中的单核苷酸变体、确定所述单细胞或细胞群的基因组中的染色体结构变异或确定所述单细胞或细胞群的基因组中的定相信息，所述方法包括：

i)提供包括多行和多列反应孔的多孔阵列板；

ii)提供单细胞或细胞群的基因组DNA，其中所述基因组DNA分布在所述多孔阵列板上的多个反应孔中，使得每个反应孔的任何给定位点的单链基因组DNA分子不超过一个，

iii)对每个基因组DNA分子进行全基因组扩增(WGA)，以在每个反应孔中提供所述基因组DNA分子的多个拷贝；

iv)将每个反应孔的DNA分子片段化并在每一端连接一对环状接头或使用转座酶递送接头进行标签化以形成适配的DNA片段，其中所述环状接头或转座酶递送接头包括列索引(Ci)序列或行索引(Ri)序列，其中所述Ci序列对于所述多孔阵列板的一列中的每个反应孔的每个环状接头或转座酶递送接头是通用的，或者其中每个Ri序列对于所述多孔阵列板的一行中的每个反应孔的每个环状接头或转座酶递送接头是通用的；

vi)通过对所述适配的DNA片段进行索引PCR来提供索引的DNA文库，其中使用正向索引引物和反向索引引物扩增所述适配的DNA片段以形成索引的PCR产物，其中行索引(Ri)序列或列索引(Ci)序列通过每个正向索引引物和反向索引引物引入到所述适配的DNA片段的每一端，使得所得的索引的PCR产物包括一对对于一列的每个孔都是通用的侧翼列索引(Ci)序列和一对对于一行的每个孔都是通用的侧翼行索引(Ri)序列两者；以及

vii)对所述索引的DNA文库进行测序以提供用于确定所述单细胞或细胞群的基因组中的任何单核苷酸变体、确定所述单细胞或细胞群的基因组中的染色体结构变异或者确定所述单细胞或细胞群的基因组中的定相信息的数据。

2.根据权利要求1所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，所述细胞或细胞群来自受试者的组织活检。

3.根据权利要求1或2所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，所述细胞或细胞群包括癌细胞、癌前细胞或疑似癌细胞、或其细胞的组合。

4.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，所述基因组DNA包括约1至30个细胞的DNA。

5.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，单细胞的DNA内含物分布在单行的孔中；或者

单细胞或细胞群的DNA内含物分布在单个多孔阵列板的行和列两者的孔中。

6.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，所述多孔阵列板包括384孔板。

7.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，在扩增混合物中提供DNA聚合报告分子。

8.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，提供所述环状接头，使得所述方法包括将每个反应孔的DNA分子片段化的步骤和后续的连接反应，以将环状接头连接到片段化的DNA上；或者

其中，提供所述转座酶递送接头，使得所述方法包括通过标签化过程将所述DNA分子片段化。

9.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，将每个反应孔的DNA分子片段化为多个dsDNA片段包括通过酶直接片段化。

10.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，将片段化或标签化试剂同时添加到每个孔中。

11.根据任一项前述权利要求所述的单细胞或细胞群的全基因组测序方法，其中，DNA片段化形成DNA片段后，将所述DNA片段进行末端修复和/或dA加尾，使得它们能够连接到所述环状接头。