[发明专利]一种鉴别新疆产甘草的SNP分子标记物及其方法与应用

权利要求书

1.一种鉴别新疆产甘草的SNP分子标记物，其特征在于，所述分子标记物包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.40所示，所述40个SNP分子标记的碱基分别位于SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.40序列的第6位置处，40个SNP分子标记的碱基如下所示：。

2.一种利用鉴别新疆产甘草的SNP分子标记物鉴别甘草产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

获取待测样本DNA；

对检测合格的所述样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；

对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；

将样本DNA质控数据序列与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到待测样品SNP基因；

将相同基因组位置处的所述待测样品SNP基因与权利要求1中新疆产甘草的SNP分子标记进行比对，判断是否有20个所述待测样品SNP基因与新疆产甘草的SNP分子标记SEQ IDNO.1-SEQ ID NO.20相同，同时判断是否有20个所述待测样品SNP基因与新疆产甘草的SNP分子标记SEQ ID NO.21-SEQ ID NO.40不同；

若两次判断结果均为有，则判断待测样品为新疆产地甘草；若任一次判断结果为没有，则所述待测样品为非新疆产地甘草。

3.根据权利要求2所述的利用鉴别新疆产甘草的SNP分子标记物鉴别甘草产地的方法，其特征在于，所述样本DNA的测序采用高通量测序。

4.根据权利要求2所述的利用鉴别新疆产甘草的SNP分子标记物鉴别甘草产地的方法，其特征在于，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：

对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；

所述过滤规则包括：

去掉接头序列；

去掉序列中N的数量小于等于序列长度2%的reads；

去掉测序质量低于20的碱基数量超过序列长度的40%的reads。

5.根据权利要求2所述的利用鉴别新疆产甘草的SNP分子标记物鉴别甘草产地的方法，其特征在于，所述将样本DNA质控数据序列与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到待测样品SNP基因包括：

以甘草在公共数据库中的基因组作为参考序列，利用比对软件进行序列比对，获得bam文件；

利用排序软件对所述bam文件进行排序，并移除重复序列；

利用基因分型软件处理排序去重之后的bam文件，获得待测样本初步SNP基因型；

利用“QUAL100 FS10 MQ40”参数降低所述样本初步SNP基因型的错误率，得到待测样品SNP基因型。

6.一种利用权利要求1的SNP分子标记物在鉴别新疆产甘草中的应用。

7.一种含权利要求1所述的SNP分子标记物的基因芯片或试剂盒。