[发明专利]一种靶向RalA-GDP蛋白的药物的虚拟筛选方法

权利要求书

1.一种靶向RaIA-GDP蛋白的药物的虚拟筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)RaIA-GDP蛋白晶体结构的准备：从Protein Data Bank数据库中获取RaIA-GDP蛋白晶体结构，去除多余结构，只保留RaIA-GDP部分，根据文献报道，确定位于RaIA-GDP蛋白Switch2和α2螺旋以及α3螺旋的一面附近的可供小分子结合的结合口袋；

(2)建立待筛选化合物库：从ZINC化合物库中下载待筛选小分子化合物库，对这些小分子化合物进行进一步的处理和结构优化；

(3)化合物的虚拟筛选：将待筛选化合物库中的化合物对接至蛋白蛋白复合物相互作用界面上的结合口袋，进行对接打分排序筛选，筛选出打分较高的具有潜在活性的候选化合物。

2.如权利要求1所述的以RaIA-GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(1)中所述的RaIA-GDP晶体结构来自于Protein Data Bank数据库，编号为2BOV，去除多余结构，只保留RaIA-GDP部分，再利用Discovery Studio软件中的PrepareProtein模块对该蛋白进行优化，具体包括对该蛋白进行三维结构分析、修补缺失的氨基酸残基和侧链、去除蛋白结构中的水分子并为整个蛋白分子添加氢原子，采用CHARMm力场对该蛋白进行能量最优化和最小化处理，利用Protonate模块对蛋白的介电常数、pH、截止能量和离子强度等进行限制。

3.如权利要求1所述的以RaIA-GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(1)中所述的RaIA-GDP蛋白是指处于失活状态的RaIA蛋白，而非处于结合GTP的激活状态。

4.如权利要求1所述的以RaIA-GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(1)中所述的RaIA-GDP蛋白上可供小分子结合的活性口袋并非是该复合物中原本小分子配体GDP所在的位置，而是处于RaIA-GDP蛋白的Switch2和α2螺旋以及α3螺旋的一面附近。

5.如权利要求1所述的以RaIA-GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(2)中所描述的化合物库包括FDA批准上市的药物或生物活性分子。

6.如权利要求1所述的以RaIA-GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(2)中所描述的化合物库中小分子化合物需要经过进一步处理，我们利用Discovery Studio软件中的Prepare Ligands模块对筛选出的化合物的离子化状态和异构体数目进行最优化，同时对化合物进行能量最优化处理，共计得到近20000个分子。

7.如权利要求1所述的以RaIA-GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(3)中所描述的筛选方法是使用Discovery Studio软件中的LibDock对接工具进行的，将准备好的配体小分子与RaIA-GDP蛋白上的结合口袋进行对接。这里使用Discovery Studio软件中的Dock Ligands(LibDock)模块对受体和小分子配体进行对接，先确定好对接的受体，配体以及对接位点，然后选择受体与配体小分子之间相互作用热区的数目为100，选择High Quality模式进行对接，选用FAST模式来产生配体分子的构象。对接结束后，去除掉与受体分子活性口袋有明显碰撞的小分子，然后根据所得的LibDockScore进行排序，筛选出前5％的化合物，然后再对所得的化合物进行进一步分析，包括分析氢键数热图，过近接触热图以及残基与配体之间的相互作用从而再筛选出前10％的化合物作为候选化合物。