[发明专利]微卫星位点标志物及其应用

说明书

本发明提出一组标志物，所述标志物用于检测微卫星不稳定性，该组标志物包括如表(1)所示的微卫星位点至少之一。

技术领域

本发明属于生物医药领域，具体地，涉及标志物，更具体地，涉及检测标志物的试剂在制备试剂盒中的用途、探针、试剂盒、确定微卫星不稳定性的方法、确定微卫星不稳定性的系统、非临时性可存储介质、计算机设备、计算机程序产品。

背景技术

微卫星序列是基因组上以数个短的DNA基序(1-10bp)重复串联而成的序列，其在基因组上的位置为该微卫星的位点。

微卫星不稳定性(MSI)是指在肿瘤DNA中存在而在胚系DNA中不存在的微卫星序列长度变化，具体表现为微卫星位点的序列上存在的插入或缺失。MSI反映的是DNA错配修复机制(MMR)的缺失。在正常人体中，hMLH1、hMSH2、hMSH6、hPMS2及hEPCAM等MMR基因会修复基因组上的插入或缺失。当MMR相关基因突变或缺失时，MMR失去对基因组进行修复的能力，表现出基因组上的插入、缺失累积的现象。这种插入、缺失在微卫星位点表现为MSI。在遗传性非息肉病性大肠癌(HNPCC,亦称Lynch综合征)中，MSI常见于hMLH1、hMSH2、hMSH6、hPMS2及hEPCAM等基因的突变个体中。而在其它肺癌、消化道癌、子宫内膜癌及卵巢癌中的偶发MSI则多由hMLH1启动子的过度甲基化导致该基因无法转录而失活造成。

MSI在不同肿瘤中的发生率差别显著。MSI是Lynch综合征的特征之一，发生率超过90％。在结直肠癌中，发生率可达15％，而在早发性结直肠癌中则达到30％。

研究表明，结直肠癌患者有MSI特征的可以获益于5FU-辅助的化疗。另外，MSI状态的分析也有助于疑似Lynch综合征的判定。因此，在2011年美国国家肿瘤综合网络(NCCN)结直肠癌筛查指南中正式将MSI检测列为首要检测项目。在2019年结直肠癌及其他相关实体瘤微卫星不稳定性检测中国专家共识中则推荐：所有结直肠癌患者均应进行MSI状态筛查；晚期实体瘤患者(如胃癌、小肠癌、子宫内膜癌、尿路上皮癌、胰腺癌和胆管癌等)如考虑免疫治疗应进行MSI状态检测。

研究表明，MSI检测可用于指导肿瘤免疫治疗。多项研究显示微卫星高度不稳定型(MSI-H)较微卫星低度不稳定型(MSI-L)和微卫星稳定型(MSS)的患者接受PD-1抗体治疗后效果更好。2017年5月，美国FDA加速批准了免疫治疗药物派姆单抗(Pembrolizumab，Keytruda)用于具有MSI-H或DNA错配修复缺陷的不可切除或转移性实体瘤患者。截至2019年底，已经有六款PD-1抗体药物。其中派姆单抗可用于所有实体瘤，而纳武单抗(Nivolumab，OPDIVO)可以单独或联合伊匹单抗(Ipilimumab,Yervoy)用于结直肠癌。

使用高通量测序技术对多个MSI位点同时进行检测和分析是一种常用的MSI状态分析方式。应用NGS技术进行MSI状态检测的关键是MSI位点组合和MSI位点状态的评估方法。

对多个MSI位点同时进行检测时，不同的MSI位点组合所适用的MSI状态判定方式、灵敏度和准确性差异较大。

由此可见，找到一组能准确判断微卫星稳定性状态的微卫星位点及对应的分析方法非常重要。

发明内容

目前常用的MSI检测主要有以下三种方式：DNA错配修复检测(MMR检测)：直接对导致MSI现象的相关基因进行基因突变检测或免疫组化检测；PCR检测(MSI-PCR)：使用特异的引物，对MONO-27、NR27、NR-24、NR-21、BAT-25和BAT-26等位点进行逐一PCR或多重荧光PCR扩增并检测；NGS检测：使用高通量测序技术对多个MSI位点同时进行检测和分析。