[发明专利]一种量化放牧食草动物食物组分的方法

权利要求书

1.一种量化放牧食草动物食物组分的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

(1)通过对植物基因组DNA叶绿体trnL(UAA)区P6环进行PCR扩增，分析测序序列，以构建本地植物参考序列数据库，同时采用NCBI公共数据库补充本地数据库；

(2)通过对放牧食草动物粪便基因组DNA叶绿体trnL(UAA)区P6环进行扩增，分析高通量测序序列，得到OTU序列表；

(3)基于所述OTU序列表进行食物组分分析，量化放牧食草动物的季节性食物组分，分析放牧食草动物食性生态位的季节性变化。

2.如权利要求1所述的量化放牧食草动物食物组分的方法，其特征在于，所述放牧食草动物为牦牛。

3.如权利要求2所述的量化放牧食草动物食物组分的方法，其特征在于，在步骤(1)中，植物基因组DNA的PCR扩增引物为：

trnL(UAA)c：CGAAATCGGTAGACGCTACG，

trnL(UAA)d：GGGGATAGAGGGACTTGAAC；

在步骤(2)中，放牧食草动物粪便基因组DNA的PCR扩增引物为：

trnL(UAA)g：GGGCAATCCTGAGCCAA，

trnL(UAA)h：CCATTGAGTCTCTGCACCTATC。

4.如权利要求1所述的量化放牧食草动物食物组分的方法，其特征在于，在步骤(1)中，所述植物样品为该种放牧食草动物活动范围内的所有植物；在步骤(1)中，采用Geneious软件整理Sanger测序所得植物序列。

5.如权利要求1所述的量化放牧食草动物食物组分的方法，其特征在于，在步骤(2)中，所述序列分析具体为：

用QIIME1.9.1进行序列组装、质控和鉴定，获得高质量的有效序列，去除短于10bp和平均质量得分小于20的序列；序列组装采用split_libraries_fastq.py命令；

使用USEARCH11合并双端序列，并将每个样本合并后的所有序列合并在一起；使用USEARCH11中的fastq_filter命令对合并序列进行质控，仅保留序列长度≥10的序列；

使用USEARCH11中fastx_uniques命令从质控序列中查找唯一序列，并删除样本中序列丰度为1的序列；

使用UNOISE算法进行去噪和OTU聚类，同时去除嵌合体；

使用USEARCH11的otutab命令，将所有初始合并序列生成去噪序列，并形成OTU表。

6.如权利要求1所述的量化放牧食草动物食物组分的方法，其特征在于，在步骤(3)中，所述食物组分分析具体为：

基于所述OTU序列，合并严格相同的序列，并基于它们的唯一序列，利用所建立的数据库进行物种分类注释；

仅保留与参考序列同一性为100％的唯一序列进行后续分析，其中，若本地参考数据库和NCBI数据库都鉴定到100％序列，则用本地数据库比对的结果；当食物序列完全匹配到参考数据库中的多个序列时，通过NCBI进行手动比对以确定最佳分类水平；

使用QIIME1.9.1中的summarize_taxa命令对相同的序列进行分组，并在样本内对它们进行计数，从而量化每个序列的相对丰度。