[发明专利]一种提高水稻整精米率的位点qHMRR4-1、分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种提高水稻整精米率的位点qHMRR4‑1、分子标记及其应用。qHMRR4‑1位于水稻第4号染色体，在物理位置28744933bp处的核苷酸为C，在物理位置28759361bp处的核苷酸为G。qHMRR4‑1的特异性分子标记qHMRR4‑1(C)、qHMRR4‑1(T)和qHMRR4‑1(Common)能够有效选择qHMRR4‑1，可用于杂交育种过程中的分子标记辅助选择。本发明通过试验证明qHMRR4‑1能够显著提高水稻的整精米率和改善谷粒粒型，在水稻的品质改良中具有重要的价值。

技术领域：

本发明属于水稻育种领域，涉及qHMRR4-1及其特异性分子标记在提高水稻整精米率和改善谷粒粒型中的应用。

背景技术：

稻米品质包括碾磨加工品质、外观品质、蒸煮食味品质和营养品质,其中碾磨加工品质包括糙米率、精米率和整精米率三个指标。在新修订的优质稻国家标准《GB/T 17891-2017》中，整精米率是优质稻谷定级的三个指标之一(整精米率、垩白度和食味)。整精米率是指稻谷经脱壳、碾磨成精米后，整精米(长度达到完整米粒平均长度四分之三及以上的米粒)占净稻谷质量的百分率，影响稻谷的最终产量，因此直接决定了稻米的商品价值和经济效益。

研究表明，整精米率是一个多基因控制的复杂性状，存在基因型×环境互作，性状的表达受环境影响较大。以表型鉴定为基础的常规育种难以有效选育整精米率高的品种。只有在基因水平上深入了解控制整精米率的分子遗传基础，开展高效准确的分子育种，高整精米率的水稻育种才能取得突破。虽然目前对整精米率的分子遗传研究已取得了一定的进展，但是很少鉴定出在不同环境下稳定表达的QTL/基因，与整精米率直接相关的QTL/基因的精细定位及克隆未见报道。此外，长粒型是优质籼稻选育的一个重要方向，而整精米率与谷粒粒长存在一定的负相关，这为提高水稻整精米率的优质化育种增加了困难。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容：

本发明的目的是提供一种提高水稻整精米率的位点qHMRR4-1、分子标记及其应用，为水稻整精米率和谷粒粒型的育种改良提供新的遗传位点和可用的分子标记。

本发明的第一个目的是提供一种水稻整精米率的位点qHMRR4-1，其特征在于，该位点位于水稻第4号染色体，qHMRR4-1在物理位置28744933bp处的核苷酸为C，在物理位置28759361bp处的核苷酸为G。

本发明的第二个目的是提供一种qHMRR4-1的特异性分子标记，其特征在于，根据4号染色体物理位置28744933bp处的核苷酸多态性设计的KASP标记，包括qHMRR4-1(C) 、qHMRR4-1(T)和qHMRR4-1(Common)；所述的分子标记qHMRR4-1(C)引物序列：5’- GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGTTGTCTGTTATATGAACGCCCC-3’，qHMRR4-1(T)引物序列：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGGTTGTCTGTTATATGAACGCCCT-3’，qH MRR4-1(Common)引物序列：5’-CAACGTCGTCTTCAAAGAAGCATCC-3’。

本发明的第三个目的是提供了上述水稻整精米率的位点qHMRR4-1在水稻育种中的应用。

本发明的第四个目的是提供了上述qHMRR4-1的特异性分子标记在水稻育种中的应用。

优选，所述的在水稻育种中的应用是在水稻整精米率改良中的应用或者谷粒粒型改良中的应用。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

(1)本发明提供一种提高水稻整精米率的位点qHMRR4-1，该位点在提高水稻整精米率中具有潜在的应用价值。

(2)qHMRR4-1在提高水稻整精米率的同时，能够改善谷粒粒型，是十分难得的优异位点。