[发明专利]肿瘤基因共表达网络构建方法、装置、设备和存储介质

说明书

本申请提供了一种肿瘤基因共表达网络构建方法、装置、设备和存储介质。所述方法包括：获取目标人体系统中的多种组织癌变转录组测序数据和所述多种组织的正常转录组测序数据；所述目标人体系统是人体解剖学八大人体系统中的任一人体系统；根据基因和转录本的关系，以及正常转录组测序数据中基因表达量呈现均一化的RNA，提取出多种组织的癌变转录组测序数据中存在差异的mRNA、lncRNA和miRNA；对所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA进行GO分析，得到融合为一个目标表达矩阵；对所述目标表达矩阵进行WGCNA分析，根据性状构建表达模块，取相关性最高的模块进行网络的构建。能够实现对多种癌症的网络构建。

技术领域

本申请涉及生物信息技术领域，特别是涉及一种肿瘤基因共表达网络构建方法、装置、设备和存储介质。

背景技术

癌症是一种由遗传或表观遗传发生癌变而引起的疾病，具体地是由于原癌基因和抑癌基因的突变，正常细胞的生长和分裂失控而变成癌细胞，进而在病理上表现出癌症相关的症状。人类早期对癌症的研究方法是将癌细胞的基因和/或基因组区域以及癌细胞的蛋白质与健康细胞的基因和/或基因组区域以及癌细胞的蛋白质进行比对分析，从而寻找癌症的发病机理和治疗方法。这种早期的研究方法虽然能够筛选出可靠的癌症标志物，但是在实验过程中，会耗费巨大的时间和财力，显得传统而单一。

随着基因测序技术的进步，积累了大量的基因数据，又得益于数学学科的发展，提出了新的用于癌症研究分析的算法和/或模型，使得各种组学数据易于独立分析或联合分析，使得癌症标志物预测变得可行，为癌症的研究和/或治疗提供了更进一步地理论支持。

在相关技术中，在利用相应的算法和/或模型对癌症标志物进行预测时，通常是一种算法和/或模型只能对一种癌症的网络构建进行简单预测，不能实现对多种癌症的网络数据挖掘。

发明内容

本申请提供一种肿瘤基因共表达网络构建方法、装置、设备和存储介质，能够实现对多种癌症的网络数据的挖掘。

本申请实施例第一方面提供了一种肿瘤基因共表达网络构建方法包括：

获取目标人体系统中的多种组织癌变转录组测序数据和所述多种组织的正常转录组测序数据；所述目标人体系统是人体解剖学八大人体系统中的任一人体系统；

根据基因和转录本的关系，计算转录组测序数据的基因表达量；

根据转录组测序数据的测序编号，对转录组测序数据中的基因进行基因转换；

对完成基因转换后的转录组测序数据进行基因注释，并提取所有RNA的基因表达量；

根据所述基因注释的结果和提取出的所有RNA的基因表达量的结果，进行RNA类型分离；

根据正常转录组测序数据中基因表达量呈现均一化的RNA，提取出多种组织的癌变转录组测序数据中存在差异的mRNA、lncRNA和miRNA；

对所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA进行GO分析，得到所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA的表达矩阵；

将所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA的表达矩阵融合为一个目标表达矩阵；

对所述目标表达矩阵进行WGCNA分析，根据性状构建表达模块，取相关性最高的模块进行网络的构建。

可选地，还包括：

对构建的所述网络进行可视化分析，并对所述网络的自网络和肿瘤标志物进行挖掘。

可选地，根据基因和转录本的关系，计算转录组测序数据的基因表达量，包括：

对转录组测序数据的序列进行质量检测，判断序列质量是否合格；