[发明专利]用于检测囊性纤维化病的方法

权利要求书

1.一种用于测定样品CFTR核酸的核苷酸序列的方法，其包括：

(a)通过扩增所述样品CFTR核酸的多个靶区段生成衔接头标签化的扩增子文库，并

(b)通过使用高通量大规模并行测序对所述扩增子文库中的扩增子测序来测定所述靶区段的核苷酸序列。

2.一种用于测定样品CFTR核酸中的CFTR核苷酸序列变体的存在或缺乏的方法，其包括：

(a)通过扩增所述样品CFTR核酸的多个靶区段生成衔接头标签化的扩增子文库；

(b)通过使用高通量大规模并行测序对所述扩增子文库中的扩增子测序来测定所述靶区段的核苷酸序列；

(c)比较步骤(b)中测定的每个靶区段核苷酸序列与参照CFTR核苷酸序列的相应区域；并

(d)如果一个或多个所述靶区段序列不同于所述参照CFTR核苷酸序列的相应区域，那么确定所述样品CFTR核酸具有变体序列。

3.一种用于测定与参照CFTR核苷酸序列相比样品CFTR核酸中的碱基变化、基因缺失和基因重复的存在或缺乏的方法，所述方法包括：

(a)通过扩增所述样品CFTR核酸的多个靶区段生成衔接头标签化的扩增子文库，

(b)通过使用高通量大规模并行测序对所述扩增子测序来测定所述靶区段的核苷酸序列，

(c)比较步骤(b)中测定的每个靶区段序列与参照CFTR核苷酸序列的相应区域；并

(d)如果一个或多个所述靶区段序列不同于所述参照CFTR核苷酸序列的相应区域，那么确定所述样品CFTR核酸中存在一个或多个碱基变化、基因缺失和/或基因重复。

4.一种用于测定个体中的囊性纤维化病的遗传基础的方法，其包括：

(a)通过从所述个体中扩增CFTR核酸的多个靶区段生成衔接头标签化的扩增子文库，

(b)通过使用高通量大规模并行测序对所述扩增子测序来测定所述靶区段的核苷酸序列，并

(c)如果一个或多个所述靶区段的核苷酸序列含有与囊性纤维化病有关的突变，那么确定所述个体具有囊性纤维化病的遗传基础。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其中通过PCR扩增所述多个靶区段。

6.权利要求1-3中任一项的方法，其中所述样品CFTR核酸是至少一种选自下组的核酸：基因组DNA、mRNA和cDNA。

7.权利要求1-4的方法，其中步骤(a)包括用寡核苷酸引物对扩增每个靶区段以生成扩增子，并将衔接头序列与每个扩增子的两个末端之一连接。

8.权利要求1-4的方法，其中步骤(a)包括用寡核苷酸引物对扩增每个靶区段，其中在扩增前将所述引物对的至少一个引物与测序衔接头序列连接。

9.权利要求2或3的方法，其中所述参照核苷酸CFTR序列包含野生型CFTR核酸序列。

10.权利要求1-4的方法，其中用索引标记物标记所述扩增子，所述索引标记物指示生成所述扩增子的样品来源。