[发明专利]甘薯及其近缘野生种的NBS-SSR特异标记开发及其应用

说明书

本发明涉及甘薯及其近缘野生种的NBS‑SSR特异标记开发及其应用，公开了用于鉴定甘薯蔓割病抗性的引物组合物。本发明的SSR标记多态性高、重复性好、遗传稳定和共显性等优点；与抗蔓割病候选基因紧密连锁，极大提高育种过程中分子标记辅助选择的效率，在甘薯抗蔓割病育种中具有重要意义。

技术领域

本发明属于农业技术领域，具体涉及甘薯及其近缘野生种Ipomoea trifida全基因组的NBS-SSR特异标记开发及其应用。

背景技术

甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)是世界上重要的粮食、饲料、工业原料及新型能源用块根作物，我国是世界上最大的甘薯生产国，常年种植面积550万hm²，鲜薯产量约1.2×10⁸t，分别占世界甘薯种植总面积和总产量的60％和85％。由于引种不规范导致南北方病害混发，呈现蔓延和逐步加重的趋势。选育抗病品种是最为经济有效的防治手段，传统的育种主要依赖植株的表现型选择，环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素会影响表型选择效率，例如抗病性的鉴定就受发病条件、植株生理状况、评价标准等影响。

利用分子标记辅助选择可显著提高选择效率和准确性,加快育种进程。利用甘薯基因组和转录组数据库，对353条甘薯栽培种和280条甘薯野生种NBS基因序列的SSR位点进行了诊断，并开发SSR分子标记，筛选出特异性标记，同时利用甘薯抗蔓割病和感蔓割病材料对开发出的标记进行了验证。利用分子标记尤其是功能基因开发的标记，可显著提高目标性状的准确性，大大缩短育种年限并提高了育种效率。

发明内容

为解决上述现有技术中所存在的问题，本研究提供一种甘薯及其近缘野生种Ipomoea trifida全基因组的NBS-SSR特异标记开发及其应用的方法。

本发明提供一种用于鉴定甘薯蔓割病抗性的引物组合物，由以下6对特异引物对中的至少一对组成：

A1)引物对NBS2由引物NBS2-F和引物NBS2-R组成；

所述引物NBS2-F为如下(a1)或(a2)；

(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；

(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；

所述引物NBS2-R为如下(a3)或(a4)；

(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；

(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；

A2)引物对NBS4由引物NBS4-F和引物NBS4-R组成；

所述引物NBS4-F为如下(b1)或(b2)；

(b1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；

(b2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子；

所述引物NBS4-R为如下(b3)或(b4)；

(b3)序列表的序列4所示的单链DNA分子；

(b4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；

A3)引物对NBS8由引物NBS8-F和引物NBS8-R组成；

所述引物NBS8-F为如下(c1)或(c2)；

(c1)序列表的序列5所示的单链DNA分子；