[发明专利]一种鉴定cfDNA变异来源的方法和系统

权利要求书

1.一种不依赖白细胞深度测序区分cfDNA变异来源的方法，其特征在于，所述方法包括：

数据获取：接收来自受试者样本的cfDNA的序列信息；

序列特征提取：分析提取cfDNA序列特征，所述cfDNA序列特征包括cfDNA变异、变异位点所在cfDNA片段的长度；构建变异位点所在cfDNA片段的长度的数组；

突变来源预测：通过cfDNA片段的长度的数组的显著性分析来判断cfDNA变异的来源；所述显著性分析的方法包括t检验的方法和方差齐性检验；若为方差齐性，则使用Student's t 检验的方法；若为方差不齐，则使用Welch's t检验的方法；若差异呈现非显著性，则判断cfDNA变异来源于克隆性造血，若差异呈现显著性，则判断cfDNA变异来源于肿瘤。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述序列信息为双端测序或者单端测序。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，提取cfDNA变异的步骤包括：测序数据质控、比对、变异识别以及变异筛选。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述变异筛选为选择突变丰度高于设定阈值的cfDNA变异。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述阈值为2%。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，提取cfDNA片段的长度的步骤包括：

(1)当采用双端测序时，获取变异位点所在cfDNA片段比对到参考基因组上的位置，根据比对的位置计算cfDNA片段的长度；

(2)当采用双端测序时，利用同一分子的正反向读序的重叠区域进行拼接得到变异位点所在cfDNA片段并计算cfDNA片段的长度；

(3)当采用单端测序时，获取变异位点所在cfDNA片段的长度。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，根据比对位置计算cfDNA片段的长度的步骤包括：

在基因组方向上最3’端位置减去最5’端位置。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述位置为在基因组参考序列上的绝对位置。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述数组包括支持变异野生型碱基序列的cfDNA片段的长度的数组与支持变异突变型碱基序列的cfDNA片段的长度的数组。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，检验方差齐性的方法为Levene's检验。

11.一种确定cfDNA变异来源的系统，其特征在于，所述系统包括处理器，所述处理器用于执行可执行程序，所述可执行程序包括完成权利要求1-10任一所述的方法。

12.根据权利要求11所述的系统，其特征在于，所述系统还包括存储器，所述存储器用于存储文件。