[发明专利]一种与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用

说明书

一种与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用，本发明提供了一种与苦荞壳厚度相关的分子标记的SSR引物组，包括21对引物，其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1～42所示，本发明还提供了该SSR引物组的筛选方法及应用方法。本发明提供的SSR分子标记可将易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)和普通苦荞(厚壳)种质区分开来,操作简单、重现性好、准确度高,可有效克服用田间苗期表型鉴定方法难以准确区分易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)和普通苦荞(厚壳)组建的后代代资源群体的缺点,在薄壳苦荞种质资源鉴别及分子标记辅助育种中具有重要作用。

技术领域

本发明涉及植物分子标记辅助种质资源鉴别与育种技术领域，特别是涉及一种利用分子标记快速鉴定易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)种质的方法。

背景技术

苦荞的加工与利用与水稻、小麦、玉米等主粮加工利用相比，更具区域性和特色性。荞麦食品早已成为各地脍炙人口的美食名片，比其特色美味更吸引人的是荞麦的营养成份，荞麦具有显著区别于其他谷物食材的特质，在功能健康食品中具有“不可替代”理由。尤其在临床营养已经开始进入“个体化营养干预”的发展阶段，研发能够满足消费者需求的功能化细分食品，需要多样化的食材原料，荞麦就是理想的资源之一。

苦荞皮壳是指荞麦籽粒的外种皮，占籽粒总重量的25％-30％，是荞麦籽粒的天然保护层，具有柔韧而坚实的结构，是苦荞籽粒木质化程度最高的部位，苦荞仁脆性大，仁与壳之间缝隙较小，导致苦荞脱壳难。苦荞脱壳效率，主要是检查是否能保存完整的苦荞仁，完整的苦荞仁对苦荞加工产品的价值有一定的影响。目前苦荞的脱壳工艺，需要高温蒸煮熟化后进行机械磨盘式脱壳，整半仁率仅能达到37.6％。随着消费者对苦荞加工产品的热爱，针对苦荞壳的厚度相关研究，培育易脱壳表型(薄壳或裂壳)品种已成为苦荞的重点。

近年来，随着分子生物学和基因组学研究的不断深入，DNA分子标记技术的研究与应用得到了迅速的发展。DNA分子标记反映了DNA水平上生物个体间的遗传差异，其技术广泛应用在物种起源、种质鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等，具有数量丰富、多态性高、不受环境影响、检测快速等优点。目前DNA分子标记的方法主要有RFLP、RAPD、SSR、AFLP和SNP等。

微卫星标记(m ic rosa telli te)又被称为短串联重复序列(shorttandemrepeats，STRs)或简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)，是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸，甚至更多核苷酸为基本单位组成的串联重复序列片段，其长度大多在200bp以内，普遍存在于真核生物和原核生物基因组中，分布于编码区和非编码区。由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，具有扩增稳定，特异性高，共显性，开发成本相对低等优点，因此微卫星标记的应用非常广泛。

SSR标记完全符合作物品种鉴别的4个基本准则，即环境的稳定性、品种间变异的可识别性、最小的品种内变异和实验结果的可靠性，其已成为作物种质资源鉴定的一种理想分子标记，该标记可通过比较材料之间的扩增条带，就可以较好地将同一物种的不同品种的亲缘关系进行有效鉴定评价，鉴定结果客观公正、可靠性高。

发明内容

本发明涉及与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用，本发明是鉴定苦荞壳厚度的分子标记是基于对易脱壳米荞1503米55-1(薄壳或裂壳)和品苦1号(厚壳)组建的F2代资源群体定位结果筛选得到36个基因，根据36个基因的SSR位点开发SSR引物。36个基因的筛选和定位方法参考本专利发明人团队在CN 110419401A公开的相关内容，在开发的SSR引物中经过筛选，选择50对引物对表1所示的编号1-6的材料包括父母本，F2材料中易脱壳、正常壳各2份进行筛选，筛选得到21对引物可以有效地区分易脱壳和正常壳的材料。利用21对引物对对F2代资源群体98个单株为模板进行PCR扩增，将所得的扩增产物通过聚丙烯酰胺凝胶毛细管电泳检测，结合单株表型，将控制该性状的基因进行定位。