[发明专利]PLA2G2A基因CNV标记快速辅助检测黄牛生长性状的方法及专用试剂盒

说明书

本发明公开了一种PLA2G2A基因CNV标记快速辅助检测黄牛生长性状的方法及专用试剂盒，基于实时荧光定量PCR技术，以黄牛基因组DNA为模板，扩增PLA2G2A基因拷贝数变异区部分片段，并扩增黄牛BTF3基因部分片段作为内参，最后利用2^‑ΔΔCt方法计算并确定个体的拷贝数变异类型，黄牛PLA2G2A基因拷贝数变异类型与个体生长性状关联分析的结果表明，黄牛PLA2G2A基因拷贝数变异区存在可以用于表现个体胸深、体高、胸围、腹围、十字部高等生长性状的优势的CNV标记，通过拷贝数变异分型检测可快速建立遗传资源优良的黄牛种群，从而加快黄牛分子标记辅助选择育种进程，并且检测过程简单、快速，便于推广应用。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，涉及一种检测黄牛PLA2G2A基因CNV标记的方法，具体涉及利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术，以BTF3基因作为参照，根据2^-ΔΔCt值确定个体PLA2G2A基因拷贝数变异类型。

背景技术

在动物分子育种包括下面两个方面：分子标记辅助选择是利用与重要经济性状连锁的DNA标记或功能基因来改良动物品种的现代分子育种技术；而转基因育种则是通过向受体动物转移有重要功能的基因或一组功能相关的基因来提高动物的生产性能的育种技术。分子标记辅助选择对于遗传力低的性状如产仔数、肉质性状和屠体性状等，改良效率是传统育种方法的几倍、甚至几十倍。如果在进行育种选择时，相应的DNA标记或功能基因覆盖了整个基因组并且达到一定的密度和遗传效应，则往往又称为动物基因组育种。分子标记辅助选择不能创造变异，也不能够在不同物种间进行优良功能基因的转递，而转基因技术则能够达到这个目标，因此，这两种育种技术有很强的互补性，合称为分子育种技术。分子育种能够克服传统杂交育种方法的缺陷，具有高效、快速的特点。分子育种具体涉及遗传资源的保护和开发利用、选种选配、杂种优势预测、数量性状基因座(QTL)的检测与利用等几乎所有育种领域。

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是一种常见的遗传多态性，主要表现为亚显微水平的缺失和重复，是由基因组发生重排而导致的，一般指长度为1kb以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少。CNV常用的检测方法主要分为两类：一类主要用于在全基因组范围内检测未知CNV，包括比较基因组杂交芯片(Comparative GenomicHybridization,CGH)和SNP芯片等基因组芯片技术以及高通量测序技术，直接通过重测序来检测基因组结构变异已经成为当前最有效的检测手段，但成本较高；另一类主要用于定点检测或验证已知CNV。

ⅡA型磷脂酶A2(secretory phospholipase A2 groupⅡA,PLA2G2A)是磷脂酶A2(phospholipase A2,PLA2)家族成员，对于ⅡA型磷脂酶A2，最初发现的是其对细菌的抵抗能力，例如，在1995年发现在PLA2G2A基因中具有移码突变的小鼠品系比具有功能性酶的小鼠品系更容易感染大肠癌。随后，sPLA2的转基因或敲除研究证明了其对各种生物过程，例如消化、宿主防御，及生殖和皮肤稳态方面有着重要作用。

目前，国内外未见关于PLA2G2A基因遗传变异与黄牛生长性能的相关研究报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种PLA2G2A基因CNV标记快速辅助检测黄牛生长性状的方法及专用试剂盒。

为达到以上目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测黄牛PLA2G2A基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：

以待测黄牛个体基因组DNA为模板，分别使用引物对P1及P2，并通过实时荧光定量PCR扩增PLA2G2A基因的拷贝数变异区及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定黄牛个体PLA2G2A基因的拷贝数变异类型；所述PLA2G2A基因的拷贝数变异区位于PLA2G2A基因参考基因组序列Chr 2:133289295-133295334。

优选的，所述引物对P1为：