[发明专利]检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法

权利要求书

1.检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于：基于BAM文件作为输入文件，以自定义的基因集panel对肿瘤患者的肿瘤组织样本及其对照白细胞样本进行检测，分析不同样本类型的HRR通路的单核苷酸突变信息。

2.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于，对肿瘤组织样本进行检测的步骤包括：

1)检测自定义的基因集panel中HRR通路的胚系单核苷酸突变；

2)检测自定义的基因集panel中HRR通路的体细胞单核苷酸突变；

3)检测自定义的基因集panel中HRR区域的杂合性缺失LOH、端粒等位基因失衡TAI、大片段状态转移LST；

4)全基因HRD评分＝LOH、TAI和LST各自评分加权处理后的总和。

3.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于：对于肿瘤样本，使用GATK中的mutect2和过滤算法来检测特定范围内HRR通路的体细胞单核苷酸突变；流程包括：对BAM文件做碱基质量校正，二次比对，mutect2做变异检测。

4.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于：对于对照白细胞样本，使用GATK中的HaplotypeCaller和过滤算法来检测特定范围内HRR通路的胚系单核苷酸突变；流程包括：对BAM文件做碱基质量校正，二次比对，HaplotypeCaller做变异检测。

5.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于，检测HRD值评分包括以下3个指标：

1)检测特定范围内HRR区域的杂合性缺失LOH，LOH区域长度超过15MB的个数；

2)检测特定范围内端粒等位基因失衡TAI，相邻区域之间的染色体断裂至少为10MB，两个断裂之间的距离小于3MB；

3)特定范围内大片段状态转移LST，延伸到染色体端粒末端的等位基因失衡；

并通过对该3个指标的加权处理计算出能反映全基因组的HRD值评分。

6.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于，用scarHRD来检测患者肿瘤中特定范围内的大片段变异。

7.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于，所述检测自定义的基因panel多突变类型的方法还包括：基于已处理完成的BAM文件作为输入文件，对肿瘤患者血浆样本进行检测，检测不同样本类型的突变信息。

8.根据权利要求1所述的检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，其特征在于：本方法结合了患者的panel基因的体细胞突变和胚系突变，以及能代表全基因组的HRD值评分，首先采用GATK进行变异检测，使用本算法对肿瘤患者在特定基因范围内的体细胞突变和胚系突变结果进行筛选和过滤，使用scarHRD来检测范围内大片段变异信息，采用本算法对HRD评分＝LOH、TAI和LST评分进行加权，计算有整体代表性的HRD值；最后结合体细胞突变和胚系突变及HRD评分来综合评估该患者的基因重组修复缺陷。