[发明专利]肺炎克雷伯菌特征序列及其qPCR快速检测体系和方法

说明书

本发明属于肺炎克雷伯菌检测技术领域，具体涉及肺炎克雷伯菌特征序列及其qPCR快速检测体系和方法。肺炎克雷伯菌特征序列如SEQ ID NO：1所示，用于扩增肺炎克雷伯特征序列的引物组序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。该特征序列可用于制备肺炎克雷伯菌核酸检测试剂盒。本发明的肺炎克雷伯菌的qPCR检测方法灵敏度达皮克级，不仅可以灵敏地将肺炎克雷伯菌与其他呼吸道常见细菌相区分，还能够区分肺炎克雷伯菌的近缘细菌‑‑产酸克雷伯菌。本发明的特征序列检测肺炎克雷伯菌具有灵敏度高、特异强、覆盖度广等特点，可有效降低肺炎克雷伯菌临床检测的假阴性率与假阳性率，对于提升肺炎克雷伯菌临床治疗效果具有重要的意义。

技术领域

本发明属于肺炎克雷伯菌检测技术领域，具体涉及一种肺炎克雷伯菌特征序列及其qPCR快速检测体系和方法。

背景技术

中国细菌耐药监测网络(CHINET)2019年公布的监测数据显示，肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是呼吸道等感染最常见病原菌，详见图1。事实上，近年来，肺炎克雷伯菌在临床感染中的检出率一直在逐年上升，2017年之前，呼吸道感染最常见的病原菌是鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)。

与此同时，我国肺炎克雷伯菌临床分离株对多种常用抗生素的耐药性已非常严重，2019年CHINET监测结果显示，超过50％的肺炎克雷伯菌临床分离株对头孢噻肟、哌拉西林耐药，超过90％的临床株对氨苄西林耐药，详见图2。

以目前肺炎克雷伯菌最常用的碳青霉烯类抗生素--亚胺培南、美罗培南为例，2005年，这两种抗生素的耐药率在3％左右，2010年耐药率上升至10％左右，2015年为15％左右，而2019年分析结果显示，肺炎克雷伯菌对亚胺培南、美罗培南的耐药性已达25％左右且呈逐年上升趋势，详见图3。

病原菌及耐药检测是当前生物医疗领域提高感染治疗效果、遏制其病原菌耐药快速发展的有效途径之一。不同病原菌的耐药谱不同，治疗方案完全不同，铜绿假单胞菌常常对碳青霉烯类抗生素耐药，多数对四代头孢、哌拉西林-他唑巴坦、头孢哌酮-舒巴坦及喹诺酮类敏感；而不动杆菌属一般对采用亚胺培南、美罗培南、头孢哌酮-舒巴坦等进行治疗。但是，目前基于病原菌分离培养及耐药表型检测的临床检验技术，存在检测周期长、灵敏度低等问题。只有能够快速完成病原菌种类的检测，才能大大缩短其临床诊断周期，将呼吸道感染临床抗生素经验治疗窗口期从5-7天压缩到3-5小时以内，为第一时间精准施用抗生素，精准布置治疗方案提供保障；此外，病原菌的快速临床检测在大幅提升疗效、减轻甚至遏制缓解患者病痛甚至生命的同时，还可有效遏制病原菌耐药的快速发展。

目前，实时定量PCR技术(qPCR)在病原菌快速检测技术领域最为成熟、应用最为广泛。这种方法检测速度快，灵敏度高，适合早期的临床筛查诊断。

现有专利文献中，CN111549150A、CN110423837A、CN110499374A、 CN105624284A、CN105950772A等都记载了关于肺炎克雷伯菌的检测方法，但这些检测方法均未涉及对临床样本的检测，缺乏实践指导意义；此外，目前已有的检测方法均无法有效解决临床样本检测过程中出现假阳性、假阴性率高的问题。

发明内容

针对上述问题本发明提供了一种肺炎克雷伯菌(K.pneumoniae)特征序列及其应用，同时提供了一种肺炎克雷伯菌的qPCR快速检测体系和检测方法。

为了达到上述目的，本发明采用了下列技术方案：

一种肺炎克雷伯菌特征序列，序列如SEQ ID NO：1所示。

一种用于扩增序列如SEQ ID NO：1所示的肺炎克雷伯菌特征序列的引物组，包括序列如SEQ ID NO：2所示的正向引物和序列如SEQ ID NO：3所示的反向引物。