[发明专利]一种检测MUC1基因突变的引物、试剂盒及分析方法

说明书

本发明涉及一种检测MUC1基因突变的引物、试剂盒及分析方法。检测MUC1基因突变的PCR引物，选择引物F1、引物R1至引物F16、引物R16中的其中一对或多对，各引物序列分别如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.32所示。与现有技术相比，本发明提供了MUC1基因突变检测的实验方法和分析方法，解决了MUC1突变导致的ADTKD疾病筛查和诊断难题，对ADTKD临床疑诊患者的疾病诊断以及家族成员的基因突变筛查和治疗干预，具有十分重要的意义。本发明包含有效的PCR扩增体系、有效的建库体系，PCR体系和建库体系的配合使用，降低了MUC1突变检测的实验成本，并且适用机型广泛，包括sequel和sequel2/2e机型均可适用。

技术领域

本发明属于生物医药技术领域，尤其是涉及一种检测MUC1基因突变的引物、试剂盒及分析方法。

背景技术

常染色体显性小管间质性肾病(简称ADTKD)是一类具有遗传倾向和家族聚集性的间质性肾病。这类肾病患者最终会进入终末期肾病(简称ESRD)，给个人、家庭和社会带来了沉重的负担。

2015年改善全球肾病预后组织(简称KDIGO)对常染色体显性小管间质性肾病的重新命名、临床表现、肾脏病理、诊断及治疗等达成共识。目前已发现5个ADTKD致病基因(UMOD、MUC1、HNF1B、REN、SEC61A1)并对应其基因分型。

对有慢性肾脏病家族史的患者，尤其伴有高尿酸血症的人群，需警惕ADTKD早期筛查以改善预后。由于ADTKD患者的B超显示并无典型特征，因此给临床诊断带来很大困扰。基因突变检测成为明确诊断ADTKD及其亚型的唯一方法。基因突变检测对于ADTKD疑似患者的确诊和指导治疗、有捐肾意愿的肾功能正常家族成员的术前评估、具有ADTKD风险的健康人群的早期筛查，以及对于成人接受胚胎植入前的遗传学诊断和优生优育都具有重要意义。

目前，二代基因测序中的人外显子测序技术(简称WES)是ADTKD临床诊断的重要方式。但是只能解决UMOD、HNF1B、REN、SEC61A1这4个基因的突变检测，无法解决MUC1基因的突变检测。过往研究表明，ADTKD-UMOD的患病率为37.1％，为ADTKD最常见的亚型；ADTKD-MUC1的患病率为21％，为ADTKD第二大常见亚型，因此导致了很多临床漏诊的发生。

MUC1基因定位于人染色体1q22，含有7个外显子，其第2个外显子含有许多串联重复序列(简称VNTRs)。其编码产物MUC1黏蛋白是典型的I型跨膜型黏蛋白，由多肽骨架和O-糖苷键连接的糖基侧链构成。MUC1基因在正常情况下可表达于多种组织，在肾脏中广泛分布于远端肾小管，具有维持肾小管腔的重要作用。如果一个胞嘧啶脱氧核苷酸插入MUC1的VNTRs结构域，会导致基因发生移码，产生新的肽链，这种肽链不能折叠成具有正常功能的蛋白质，并在小管上皮细胞中堆积，最终导致肾小管功能障碍及坏死。多项研究发现，MUC1基因2号外显子的串联重复序列区域，常发生4种类型的基因突变28dupA、26_27insG、23delinsAT、27dupC，其中以27dupC(占比约90％)为主要突变类型。此外，MUC1黏蛋白还存在于乳腺、胰腺、卵巢等上皮性组织和器官中。在病理学中，表达于几乎所有的胰腺导管癌、胆管癌及部分壶腹癌，可用于胰腺导管癌、胆管癌与胃腺癌(20％的病例阳性)等的鉴别诊断；90％以上的乳腺癌阳性表达，可用于乳腺癌与转移性胃癌的鉴别诊断。它在很多类型的实体瘤和白血病的癌变上皮细胞表面高度异常表达，结构发生相应改变，从而成为免疫应答的靶点，并在乳腺癌的发展、转移、预后及免疫治疗中起到重要作用。