[发明专利]一种用于检测苦瓜果瘤性状的KASP标记及其应用

说明书

本发明涉及一种苦瓜KASP标记，所述KASP标记为苦瓜基因组4号染色体上的21911842位置处发生C向T的突变，该位点突变导致基因MC04g1395形成一个终止密码子，从而表现为变异位点T或者杂合与粒瘤性状紧密连锁，C与条瘤性状紧密连锁。同时，发明人基于该KASP标记成功开发了一组KASP引物及其试剂盒，经实验验证该KASP标记检测在苦瓜遗传后代材料中检测准确率为98.15％，在苦瓜自然种质中检测准确率为98.39％。充分表明该KASP标记检测能够用来筛选苦瓜果瘤性状，在苗期可实现高通量快速鉴定苦瓜果瘤类型，为苦瓜分子育种提供有效的技术支持，具有重要的应用价值。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，特别是涉及一种用于检测苦瓜果瘤性状的SNP位点、KASP标记及其应用。

背景技术

苦瓜是一种兼具营养价值和药用价值的特色蔬菜，富含碳水化合物、蛋白质、维生素、矿物质及各种生物活性成分，可降血糖、抗氧化、分解脂肪，抑制诱变、肿瘤等。其除了作为广东、广西、海南、福建、四川及港澳地区的日常消费，同时也是“三北”、长江流域及港澳地区冬春蔬菜淡季市场的主要产品之一。

苦瓜按果瘤形状可大致分为无瘤、条瘤、粒条相间、粒瘤和刺瘤等种类，在生产上，果实表面瘤的形态是区分油瓜和珍珠苦瓜的重要指标，油瓜以光滑的条瘤为主，珍珠苦瓜以晶莹剔透的粒瘤为主。因此，开发与苦瓜果瘤性状紧密连锁的KASP标记，在苗期可实现高通量快速鉴定苦瓜果实表面瘤的类型，筛选珍珠苦瓜和油瓜不同的苦瓜类型，为苦瓜分子育种提供有效的技术支持，具有重要的应用价值。

发明内容

基于此，本发明的目的之一在于提供一种用于检测苦瓜果瘤性状的KASP标记，用于有效检测苦瓜果瘤性状。

实现上述目的的技术方案如下：

一种苦瓜KASP标记，所述苦瓜KASP标记为基因组4号染色体上的21911842位置处发生C向T的突变。

本发明的目的之一还在于提供一种上述苦瓜KASP标记在苦瓜果瘤性状检测和/或辅助育种中的应用。

本发明的目的之一还在于提供一种苦瓜果瘤性状检测方法。

实现上述目的的技术方案如下：

一种苦瓜果瘤性状检测方法，所述检测方法包括检测苦瓜基因组4号染色体上的21911842位置处是否发生C向T的突变。

在其中一些实施例中，所述检测方法包括，但不限于，聚合酶链式反应技术、原位杂交技术、酶学突变检测技术、化学剪切错配技术、质谱分析技术、基因芯片技术或基因测序技术。

在其中一些实施例中，所述检测方法为聚合酶链式反应技术，所述聚合酶链式反应是RT-PCR、免疫PCR、巢式PCR、荧光PCR、原位PCR、膜结合PCR、锚定PCR、固着PCR、原位PCR、不对称PCR、长距离PCR、降落伞PCR、梯度PCR中的任一种。

在其中一些实施例中，所述检测方法为荧光PCR，所述检测包括如下步骤：

(1)获取待测苦瓜基因组DNA。

(2)以核苷酸序列SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.5所示的引物对进行PCR扩增得到产物。

(3)将产物在包含3种通道的酶标仪中进行检测，读取荧光强度信号值，然后将荧光信号值结合标记信息，进行基因分型，获得基因型结果。

(4)根据荧光信号值进行分析，其中聚合在X轴且荧光信号呈蓝色的样本为条瘤基因型，A基因型；聚合在Y轴且荧光信号呈绿色的样本为粒瘤基因型，B基因型；聚合在中间且荧光信号呈红色的样本为粒条相间基因型，H基因型。