[发明专利]分子相似性搜索

权利要求书

1.一种用于查找与查询分子相似的分子的方法，所述方法包括：

利用已经被训练以分别根据输入查询分子向量或输入候选分子向量输出分子属性向量的GCN，将查询原子特征集(AFS)向量和候选AFS向量转换为查询属性特征集(PFS)嵌入向量和候选PFS嵌入向量；

从经训练的GCN的隐藏层中提取查询PFS嵌入向量和候选PFS嵌入向量；

针对至少一对所述查询PFS嵌入向量和一个所述候选PFS嵌入向量，计算经补偿的相似性度量(CSM)；以及

仅选择其所述CSM的值高于预定门限值的这种所述候选分子向量。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述补偿试图补偿由原子特征集在所述经训练的GCN的输入层处的变化位置引起的不准确性。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述计算包括：

针对每个候选PFS嵌入向量：

对所述查询PFS嵌入向量中的属性特征集与所述候选PFS嵌入向量中的属性特征集之间的点积的所有可能组合求和；以及

通过将点积和除以所述候选PFS嵌入向量中的所述属性特征集的数量来将所述点积和归一化。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，所述经训练的GCN包括输入层、四个隐藏层以及输出层。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，每个所述PFS嵌入向量包括多个属性特征集。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，所述经训练的GCN的所述属性是以下之一：溶解度、血脑屏障和毒性。

7.根据权利要求4所述的方法，其中，提取查询PFS嵌入向量和候选PFS嵌入向量是在第四个所述隐藏层的输出处执行的。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，所述候选AFS向量是用于训练所述GCN的向量。

9.根据权利要求1所述的方法，其中，调整所述预定门限值改变被认为与所述查询分子向量相似的所述候选分子向量的数量。

10.一种用于查找与查询分子相似的分子的系统，所述系统包括：

GCN，其已经被训练以分别根据输入查询分子向量或输入候选分子向量输出分子属性向量，用于将查询原子特征集(AFS)向量和候选AFS向量转换为查询属性特征集(PFS)嵌入向量和候选PFS嵌入向量；

PFS向量提取器，其用于从经训练的GCN的隐藏层中提取查询PFS嵌入向量和候选PFS嵌入向量；

经补偿的向量比较器(CVC)，其用于针对至少一对所述查询PFS嵌入向量和一个所述候选PFS嵌入向量，计算经补偿的相似性度量(CSM)；

候选向量选择器，其用于仅选择其所述CSM的值高于预定门限值的这种所述候选分子向量。

11.根据权利要求1所述的系统，其中，所述经补偿的向量比较器(CVC)试图补偿由原子特征集在所述经训练的GCN的输入层处的变化位置引起的不准确性。

12.根据权利要求11所述的系统，其中，所述CVC包括：

点积求和器，其用于针对每个候选PFS嵌入向量，对所述查询PFS嵌入向量中的属性特征集与所述候选PFS嵌入向量中的属性特征集之间的点积的所有可能组合求和；以及

DPS归一化器，其用于针对每个候选PFS嵌入向量，通过将所述DPS除以所述候选PFS嵌入向量中的所述属性特征集的数量来将所述DPS归一化。

13.根据权利要求10所述的系统，其中，所述经训练的GCN包括输入层、四个隐藏层以及输出层。

14.根据权利要求10所述的系统，其中，每个所述PFS嵌入向量包括多个属性特征集。