[发明专利]一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法

说明书

本发明公开了一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，属于高通量测序技术领域。该检测方法包括以下步骤：提取检测对象的基因组DNA，对提取的基因组DNA进行定量并构建文库，对文库进行定量操作，上机测序后进行数据分析得到致病位点相关信息。本发明针对遗传性帕金森病致病基因突变检测，基于多因素算法对目标区域基因组进行设计，合成特异性探针与基因组DNA文库进行液相杂交，将目标区域序列进行捕获并富集后进行高通量测序，能够同时对一个样本中多个遗传性帕金森病致病基因突变进行分析，具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。

技术领域

本发明属于高通量测序技术领域，具体涉及一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法。

背景技术

帕金森病(Parkinson’s Disease，PD)是临床上最常见的神经系统退行性疾病之一。其主要病理改变为中脑黑质致密部多巴胺(DA)能神经元进行性变性丢失，纹状体区多巴胺含量减少，以及残存的多巴胺能神经元内形成以α–突触共核蛋白(α–Syn)为主要成分的嗜酸性包涵体——路易小体(Lewy body)。帕金森病有两种类型，即家族性帕金森病与散发性帕金森病，大部分帕金森病患者为散发病例，仅有10％–15％的患者有家族史。

家族性帕金森病发病机制与多种致病基因突变有关，α–synuclein基因(PARK1/PARK4)、LRRK2基因(PARK8)、UCH–L1基因(PARK5)、GIGYF2基因(PARK11)和Htra2/Omi基因(PARK13)为常染色体显性遗传性帕金森病致病基因；Parkin基因(PARK2)、PINK1基因(PARK6)、DJ–1基因(PARK7)和ATP13A2基因(PARK9)为常染色隐性遗传性帕金森病致病基因。其中LRRK2基因是目前为止帕金森病患者中突变频率最高的帕金森病致病基因。散发性帕金森病易感基因有SNCA基因、GBA基因、LRRK2基因、DJ–1基因等。帕金森病并非单一因素引起，而是由多种因素包括遗传因素、环境因素、老年化、免疫/炎性因素等通过多种机制联合作用的结果。通过全面的基因检测方案，可以协助阳性携带者进入一些前沿的临床试验，希望随着医学的不断发展，这些携带突变的无症状者能够延缓甚至阻止症状性PD的出现。

发明内容

针对现有技术中遗传性帕金森病致病基因突变检测技术的限制，本发明的目的是，提供一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，该方法具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案是：

一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的处理：

S1、将基因组DNA进行片段化；

S2、将片段化的基因组DNA进行末端修复和3'末端添加碱基A；

S3、将3'末端添加碱基A的产物连接扩增接头并纯化，以进行有效连接产物的富集；

S4、将连接产物进行Pre–PCR扩增反应，富集有效产物；

S5、用探针与上述富集的有效产物模板进行液相杂交后，并与磁珠结合，洗脱未结合探针与非特异性结合不稳定文库，捕获上述模板中目标区域DNA文库；

S6、将捕获的目标区域DNA文库分离后连接完整接头，进行Post–PCR扩增反应，捕获目标区域文库；

S7、对目标区域文库进行定量和质检操作；

S8、上机测序；

S9、数据分析得到致病位点相关信息；