[发明专利]一种基因组捕获探针的制备方法

说明书

本发明公开了一种基因组捕获探针的制备方法，包括以下步骤：步骤S1、在待检测基因组上的目标区域的目标基因进行引物扩增生成扩增基因簇；步骤S2、将扩增基因簇进行片段切割生成混合基因簇，并纯化所述混合基因簇获得目标基因簇。本发明在制作原始基因的最佳捕获探针的同时利用变异诱变技术直接将原始基因进行诱变，从而直接获得原始基因的变异基因的最佳捕获探针，从而避免了需要重新依据变异基因序列制作引物扩增的过程，降低成本的同时提高效率，并且原始基因的最佳捕获探针和变异基因的最佳捕获探针可同时捕获到基因的原始形态和变异形态，从而获取基因的全属形态，得知基因的多种序列，从而可作为研究同族起源的基础，具有深远意义。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体涉及一种基因组捕获探针的制备方法。

背景技术

在分子生物学和遗传学领域，基因组指生物体所有遗传物质的总和。这些遗传物质包括DNA或RNA(病毒RNA)。在医学领域基因组重测序在发现SNP与重大疾病的关系方面有着重要的意义，由于往往只对基因组特定区域(比如外显子组)而不是全基因组感兴趣，因此会利用基因捕获探针对特定的区域进行捕获，对捕获出的DNA序列进行测序。探针制备是捕获测序中关键环节，目前常用的探针制备方法主要采取“瓦片式覆盖设计，人工合成碱基”的方式。具体方法是：针对感兴趣的区域设计一定长度的探针序列，每个序列沿着基因位置移动一定距离。然后采用人工合成的方式大量合成上述序列。

现有技术中，捕获探针的制备通常仅考虑于基因组的单一性匹配，而忽视了对基因组变异性的考虑，因而导致通常制作一种捕获探针仅捕获单一基因组，若要获得该基因的变异基因的捕获需要重新依据变异基因序列制作捕获探针，因而导致成本增加，通用性差的缺陷。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基因组捕获探针的制备方法，以解决现有技术中制作一种捕获探针仅捕获单一基因组，通用性差的技术问题。

为解决上述技术问题，本发明具体提供下述技术方案：

一种基因组捕获探针的制备方法，包括以下步骤：

步骤S1、在待检测基因组上的目标区域的目标基因进行引物扩增生成扩增基因簇；

步骤S2、将扩增基因簇进行片段切割生成混合基因簇，并纯化所述混合基因簇获得目标基因簇；

步骤S3、将目标基因簇等量分为第一目标基因簇和第二目标基因簇，并对第二目标基因簇进行变异诱变获得第三变异目标基因簇；

步骤S4、分别对第一目标基因簇和第三变异目标基因簇进行生物素标记生成第一标记目标基因簇和第三标记变异目标基因簇，并分别对第一标记目标基因簇和第三标记变异目标基因簇进行双链解离生成第一DNA捕获探针和第三变异DNA捕获探针；

步骤S5、在已知序列的基因库中验证第一DNA捕获探针和第三变异DNA捕获探针的精准度并依据精准度保留最优捕获探针簇。

作为本发明的一种优选方案，所述步骤S1，所述待检测基因组的区域组成依次为非目标区域和目标区域，所述非目标区域为已知序列的非目标基因，所述目标区域为未知序列的目标基因，所述引物扩增的具体方式为：

步骤S101、利用所述已知序列的非目标基因设计特异性引物，并将特异性引物与待检测基因组均匀混合获得第一扩增材料；

步骤S102、将第一扩增材料由初始温度升温至第一高温使第一扩增材料中所述待检测基因组的双链解离成单链形态获得第二扩增材料；

步骤S103、将第二扩增材料由第一高温降温至第二低温使第二扩增材料中所述特异性引物与所述待检测基因组非目标区域的非目标基因的单链形态进行特异性双链结合获得第三扩增材料；