[发明专利]一种华山松基因组SNP的开发方法和应用

说明书

本发明涉及基因领域，具体涉及一种华山松基因组SNP的开发方法及应用，以SLAF‑seq技术为核心，对209份华山松优良单株进行多态性SNP标记开发，共获得了3469074个SNP标记；经GWAS关联分析后，获得了与胸径相关的SNP位点6个，与树高相关的SNP位点7个，利用SNP的序列在NCBI数据库进行Blast比对之后，发现2个基因可能与胸径生长相关，分别为SNP Marker227806位点相近的与纤维素合成相关的CesA2基因，以及Marker227806位点相近的与木质素合成相关的CCoAOMT基因，为华山松育种性状的遗传机理及分子标记选择奠定了理论基础。

技术领域

本发明涉及基因领域，具体涉及一种华山松基因组SNP的开发方法和应用。

背景技术

华山松( Pinus armandii Franch.)系松科(Pinaceae)，松属( Pinus)单维管束亚属的高大乔木植物，是我国特有的五针松高大乔木、同时也是高海拔地区重要的造林树种之一。由于其生长周期较长、基因组高度杂合以及多种因素的影响，使得华山松在基因组学分子标记辅助选择方面的研究相对滞后。

发明内容

为解决上述问题，本发明提供了一种华山松基因组SNP的开发方法和应用。

为实现上述目的，本发明采取的技术方案为：

一种华山松基因组SNP的开发方法，包括如下步骤：

S1、以 SLAF-seq技术为核心，对209份华山松优良单株进行多态性 SNP标记开发，用EcoRV-HF®+ScaI-HF®酶来构建简化基因组测序文库，最后在 IlluminaHiSeq2500system上测序，得到SLAF标签，用软件BWA把测序得到的reads进行比对，以次等位基因频率（MAF）和位点完整度为依据，过滤掉MAF5%和完整度小于80%的低质量SNPs，而后结合GATK和SAMTOOLS软件作为开发 SNP标记的方法，共获得了 3469074 个 SNP标记；

S2、利用开发的华山松基因组 SNP，对表型树高（Height）和胸径（DBH）性状进行GWAS分析，采用GLM模型获得了与胸径相关的 SNP位点 6 个，与树高相关的SNP位点7个，利用SNP的序列在NCBI数据库进行 Blast比对之后，发现2 个基因可能与胸径生长相关，分别为SNPMarker227806 位点相近的与纤维素合成相关的 CesA2基因（登录号：AC241331.1），以及Marker227806 位点相近的与木质素合成相关的 CCoAOMT基因（登录号：AC241331.1）。

所述 SNPMarker227806可用于挑选华山松优良单株。

本发明首次开发了华山松基因组 SNP 3469074 个，获得与胸径、树高性状相关联的 SNP 标记 13 个，2 个候选基因 CesA2和 CCoAOMT，为华山松育种性状的遗传机理及分子标记选择奠定了理论基础。

附图说明

图1为本发明的技术路线图。

图2为信息分析流程图。

图 3为DNA 提取部分结果图。

图 4为华山松测序质量分布图。

图 5为华山松碱基分布图。