[发明专利]一种山羊CFAP43基因插入/缺失标记在性状早期选择中的应用

说明书

本发明公开了一种山羊CFAP43基因插入/缺失标记在性状早期选择中的应用。以山羊全基因组DNA为模板，通过PCR扩增山羊CFAP43基因部分片段，经过琼脂糖凝胶电泳后鉴定该基因的6‑bp插入突变位点在山羊群体中的多态性。根据关联分析结果，CFAP43基因的这一插入/缺失多态性位点的基因型与山羊的胸围、管围显著相关，可用于快速建立遗传资源优良的山羊群体，从而可以通过山羊性状的早期标记辅助选择加快育种进程。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及山羊CFAP43基因插入/缺失(InDel)多态性的分型检测及在分子标记辅助选择育种中的应用。

背景技术

绒肉兼用型山羊品种，如陕北白绒山羊对带动畜牧业及经济发展具有重要作用，但山羊品种自身存在的个体体型分布不均、遗传性能不稳定等问题是限制其产业升级的关键问题之一。目前，利用现代分子生物技术，如分子标记辅助选择(marker-assistedselection,MAS)方法对山羊生长性状进行遗传选育已经成为研究的热点。在MAS中，候选基因法是目前主要的研究方法之一，因此，确定与生长性状相关的重要候选基因就成为提高山羊生长性状、发展山羊产业的前提。

精子鞭毛多发形态异常(multiple morphological abnormalities of thesperm flagella,MMAF)可显著影响雄性的繁殖性能，并可导致不育。纤毛和鞭毛相关蛋白(cilia and flagella associated protein 43，CFAP43)基因作为MMAF相关的主要基因，在卵巢、胎盘等多种组织中均有表达，从而影响动物的繁殖。

在家畜的生长性状方面，研究发现位于IGF2基因的关键QTL对猪肌肉含量影响较大，证明IGF2基因是控制猪肌肉含量的关键候选基因。利用InDel检测方法，研究发现IGF2BP1基因存在可用于山羊生长性状选育的有效分子标记，通过对IGF2BP1基因的两位点进行组合基因型分析发现，它们能显著影响山羊的体重性状。同样，作为生长性状的候选基因，PRDM6基因存在的12-bp的缺失突变能显著影响山羊的生长和发育。肌肉生成抑制素(Myostatin)基因，又名GDF8基因，研究发现其缺失突变会导致牛的肌肉肥大表型，因此该基因对于牛、山羊等家畜的生长性状遗传选育具有重要价值。

在MAS育种中，InDel检测方法与SNP检测方法相比，具有可操作性强、检测方便且快捷等多种优点。但目前尚未见到研究CFAP43基因多态性与山羊生长性状关系的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种山羊CFAP43基因插入/缺失标记在性状早期选择中的应用，以快速建立优良生长性状的山羊遗传资源群体。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种山羊CFAP43基因插入/缺失多态性的检测方法，包括以下步骤：

以待测山羊(例如，陕北白绒山羊个体)全基因组DNA为模板，通过PCR扩增山羊CFAP43基因的部分片段，然后对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定山羊个体CFAP43基因插入/缺失多态性位点的基因型，所述插入/缺失多态性位点选自山羊CFAP43基因NC_030833:g.27012996-27012997位6-bp插入突变位点。

优选的，所述PCR的扩增引物对为：

上游引物：5’-GGACAGAGAGACAGAGTTTCAGGT-3’

下游引物：5’-CAAGACTCCCCTATCTTCAGATTA-3’。

优选的，所述PCR采用的反应程序为：95.0℃预变性5min；94.0℃变性30s，68.0℃复性30s，72.0℃延伸20s，每个循环复性温度减1℃，共18个循环；94.0℃变性30s，50.0℃复性30s，72.0℃延伸20s，共30个循环；72.0℃延伸10min。