[发明专利]一种预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效的方法及产品

说明书

本发明提供一种预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效的方法及产品，所述方法具体步骤如下：S1，采集肝胆肿瘤患者外周血样本，分别提取血浆游离DNA及血细胞DNA；S2，采用血浆游离DNA和血细胞DNA构建基因文库；S3，利用靶向序列捕获探针与目标区域特异性杂交，从基因文库中捕获并富集靶向目标基因；靶向基因包括CALR、NR4A3、IDH2、IGF1R、ETV6、STAT3、NF2和CTCF，S4，分别获得血浆游离DNA和血细胞DNA靶向测序数据；S5，结合靶向测序数据，分析血浆游离DNA靶向测序数据中靶向基因的拷贝数变异；S6，预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂治疗联合靶向治疗疗效。

技术领域

本发明属于生物医药类，具体的，提供一种基于外周血游离DNA的基因拷贝数变异预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂(PD-1/PD-L1抑制剂)联合靶向治疗疗效的检测方法。

背景技术

肝胆肿瘤是一系列恶性肿瘤的统称，包括：肝癌(肝细胞癌，HCC)、胆道癌(包括肝内和肝外胆管癌，CCA)和胆囊癌(GBC)等。2018年，全球每年约有84万新发病例和78万例死亡。是全球第六大最长被诊断的癌症和第四大癌症死因。

今年来，随着免疫治疗的发展，免疫检查点抑制剂(ICI)和靶向治疗等单一药物治疗已显示出对晚期肝胆癌症的显著疗效。并且，有临床试验结果显示免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗法在晚期肝癌患者中取得了较好的疗效。IMbrave150是一项全球性III期、多中心、开放性研究，旨在评估既往未接受过系统治疗的不能切除的肝细胞癌(HCC)患者，与标准疗法索拉菲尼(Sorafenib)单药治疗相比，免疫治疗联合靶向治疗-阿特珠单抗联合贝伐珠单抗(Atezolizumab+Bevacizumab)显著改善了患者的总生存期(OS)(中位总生存期：NE vs 13.2月)和无进展生存期(PFS)(中位无进展生存期：6.8vs 4.3月)，展现出显著的临床获益。近期，有Ib期研究发现仑伐替尼联合免疫检查点抑制剂(Lenvatinib+ICI)对与不可切除的肝细胞癌(HCC)患者具有较好的客观缓解率(ORR)和无进展生存期(PFS)。在晚期胆道癌(BTC)中，也有类似研究显示，仑伐替尼联合免疫检查点抑制剂(Lenvatinib+ICI)同样安全有效。

在免疫治疗取得发展的同时，既往研究也显示只有一部分患者能从免疫检查点抑制剂中获益，而目前尚无确切的生物标志物可预测肝胆肿瘤对免疫检查点抑制剂联合靶向治疗的疗效。因此亟需有效的生物标志物以预测免疫治疗的疗效，筛选获益人群。

发明内容

1.发明目的

本发明的目的之一提供一种基于外周血游离DNA基因CALR、NR4A3、IDH2、IGF1R、ETV6、STAT3、NF2和CTCF的拷贝数变异，计算得到的用于预测肝胆肿瘤联合免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效的生物标志物即CNV风险评分，从而准确预测预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效；

本发明的目的之二是提供一种用于预测肝胆肿瘤免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效，包括PD-1抑制剂联合仑伐替尼联合治疗，以及PD-1/PD-L1抑制剂联合靶向治疗药物的治疗方案。

2.技术方案

基于上述技术问题，本发明的技术方案如下：

本发明提供了一种预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效的方法，基于肝胆肿瘤患者外周血cfDNA中CALR、NR4A3、IDH2、IGF1R、ETV6、STAT3、NF2和CTCF拷贝数变异计算得到的CNV风险评分，利用CNV风险评分预测肝胆肿瘤患者免疫检查点抑制剂联合靶向治疗疗效。

作为本发明更进一步的改进，具体步骤如下：

S1，采集肝胆肿瘤患者外周血样本，分别提取血浆游离DNA及血细胞DNA；

S2，分别采用血浆游离DNA和血细胞DNA构建基因文库；