[发明专利]一种鼻咽癌分子分型的预测系统

权利要求书

1.一种鼻咽癌分子分型的预测系统，其特征在于，所述的预测系统工作时包括以下步骤：

S1、收集X例鼻咽癌转录组表达矩阵及临床数据；

S2、提取鼻咽癌I型、II型、III型三种不同分子亚型基因表达特征，I、II、III型病例数目分别为a、b、c个，且步骤S1的X=a+b+c；其中I型为高增殖能力及低免疫细胞浸润型，而III型为低增殖能力及高免疫细胞浸润型，II型则介于两者之间；分别检测I型和II型，I型和III型以及II 型和III型的差异表达基因；

S3、将各分子分型的基因表达特征选取为构建分子分型预测模型的特征，其中I、II、III型基因表达特征数目分别为d、e、f个，且d+e+f=Y；

S4、 载入“mlbench”R 包，以患者编码为唯一识别，随机选取X*2/3例患者为训练集，剩下的X*1/3例患者为验证集；

S5、根据选取的患者编码，使用“match”函数将转录组表达矩阵拆分为行名为患者编码，列名为基因名的训练矩阵及验证矩阵，分别存入“train”及“validation”变量中；

S6、载入“caret”R包，使用训练矩阵及对应的分子分型标签，构建备选预测模型；

S7、使用least-group out 方法以75%样本作为训练集进行交叉验证，以准确性作为标准自动挑选分子分型预测模型；

S8、使用构建的分子预测模型预测验证集患者的分子分型，并与实际情况进行对比，绘制受试者工作特征曲线验证其准确性，最终确定预测模型。

2.根据权利要求1所述的一种鼻咽癌分子分型的预测系统，其特征在于，步骤S2中，使用秩和检验分别检测I型和II型，I型和III型以及II 型和III型不同亚型的差异表达基因。

3.根据权利要求1所述的一种鼻咽癌分子分型的预测系统，其特征在于，步骤S3中选取构建子分型预测模型特征时，在有标签的训练集中使用随机森林算法构建分子分型预测模型。

4.根据权利要求1所述的一种鼻咽癌分子分型的预测系统，其特征在于，步骤S6中，构建备选预测模型时，利用train函数，设定算法为随机森林，迭代100次。

5.根据权利要求1所述的一种鼻咽癌分子分型的预测系统，其特征在于，步骤S8中，利用predict函数使用构建的分子预测模型。

6.根据权利要求1所述的一种鼻咽癌分子分型的预测系统，其特征在于，步骤S8中，确定预测模型时，将预测模型保存为“Rdata”形式。