[发明专利]一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法在审
申请号: | 202110379792.8 | 申请日: | 2021-04-08 |
公开(公告)号: | CN113035358A | 公开(公告)日: | 2021-06-25 |
发明(设计)人: | 王书奎;刘翔翔;何帮顺;秦健;潘玉琴;孙慧玲;许桃 | 申请(专利权)人: | 南京市第一医院 |
主分类号: | G16H50/30 | 分类号: | G16H50/30;G16H50/20;C12Q1/6886 |
代理公司: | 天津垠坤知识产权代理有限公司 12248 | 代理人: | 于德江 |
地址: | 210000 江*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 预测 早期 结肠癌 患者 预后 风险 模型 构建 方法 | ||
1.一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述模型构建方法包括以下步骤:
步骤一:通过手术获取患者的肿瘤组织标本;
步骤二:使用差异分析检测患者肿瘤组织标本中上述基因含量的表达;
步骤三:使用单因素Cox回归分析和LASSO回归分析筛选用于构建风险模型的基因,建立风险模型的计算公式;
步骤四:使用Kaplan–Meier预后分析和ROC分析验证该预后风险模型在早期结肠癌患者中用于预后预测的准确性。
2.根据权利要求1所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述步骤一中获取患者的肿瘤组织标本首先制定患者选择标准,并根据标准选取患者,手术切除患者的肿瘤组织,经过病理诊断为结肠癌I期或II期后立即放入液氮保存。
3.根据权利要求2所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述患者选择标准包括病理上确诊为结肠癌I期或II期的结肠癌患者、患者没有其他类型肿瘤、患者有具体的生存状态和随访时间。
4.根据权利要求1所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述步骤二通过Trizol试剂提取总RNA,使用二代测序技术检测早期结肠癌预后较差患者和预后较好患者肿瘤组织标本中显著差异表达的基因。
5.根据权利要求1所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述步骤三使用单因素Cox回归分析,从差异表达的基因中筛选出与早期结肠癌患者预后显著相关的基因。
6.根据权利要求1所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述步骤三使用LASSO回归分析拟合高维广义线性模型,构造惩罚函数,过滤掉高度相关的基因。
7.根据权利要求1所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述步骤三中筛选出15个代表性的基因,即FGF18、BZRAP1、FLJ42627、BTN3A3、C3orf58、TAPBP、ADRA2C、FCAMR、AKR1E2、LOC64417、TIMM17A、ODF3L2、ZRANB2、LRRC39和SYT2。
8.根据权利要求7所述的一种预测早期结肠癌患者预后风险的模型构建方法,其特征在于,所述十五个基因团的表达量与早期结肠癌患者预后的相关系数分别为-0.23、-0.11、-0.28、0.18、0.99、0.18、0.10、-0.10、0.065、0.17、-0.33、0.015、0.74、-0.48和-0.16。
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